十月，将各州县官员安排完毕，李世民率军返回长安。
李渊派出了刚刚归附，受封光禄卿的李密迎接大军班师凯旋。
宇文化及率领骁果军北上，途中攻打李密占据的黎阳仓，驻守黎阳仓的徐世绩畏惧骁果军兵威，向李密求援。
杨侗得知了宇文化及北上之后，派人连络火并了翟让兄弟的李密，赦免李密，并册封李密为太尉、尚书令、东南道大行台尚书令、魏国公等官爵，命其讨灭宇文化及后入朝辅政。
李密上表愿讨伐宇文化及赎罪，随后引精兵东进攻打宇文化及。然而，李密接受了洛阳官职之后，部下却人心浮动，瓦岗寨众人皆是盗匪出身，如今李密与大战了一年，大战百馀战的洛阳朝廷和解，令诸将心中不由得为自己的前程担忧，李密对瓦岗军的统治出现了巨大的裂隙。
最直接的表现便是，二人率部大战之时，李密中箭坠马昏迷，身边亲卫竟无人相救，尽皆逃散，若非秦琼拼死将李密救出，恐怕这位隋末霸主便要被宇文化及擒杀了。
李密费劲了九牛二虎之力才终于打跑了宇文化及，此战李密损失极大，精锐几乎丧尽。引兵回洛阳的时候却被王世充偷袭击败，部众星散。
洛阳城中掌权的元文都等人皆是关陇人，重新接纳李密这位根正苗红的关陇贵族毫无心理压力，但一直率军与李密对攻的王世充却心中忧虑不已。
由于王世充麾下多为楚人，且一直以来充当主力与瓦岗军对战，双方之间仇怨颇深，王世充便借机对部下说道：“我等与李密大战多时，其若入城，必为战死士卒复仇，我等断无活路啊！”
煽动了麾下士卒后，王世充又令巫师于军中散布谣言：“若不随王仆射讨伐国贼李密，天神便会发怒，军中将瘟疫横行。”
楚人素来迷信巫术，于是纷纷请求王世充尽快出兵。而王世充则顺水推舟，在段达的帮助下，迅速掌控了洛阳朝廷，随后出兵攻打李密。
最终李密不敌王世充，绝望之下率部众投降了李渊。但入朝之后，李渊不知出于何等心理，并未给这位隋末霸主应有的待遇，仅仅册封其为光禄卿（从三品，掌皇室膳食、宫殿门户等，约等于管家，高级服务员。）
太庙献俘之时，李渊与李建成看着被一众军士热情簇拥着的李世民沉默不语。李渊心中默默想到：二郎很有能力，但威望太高了，高到军中只知秦王，不知君父。
他指尖攥着玉带钩，骨节微微泛白，目光掠过太庙前黑压压跪伏的将士——那些人看向李世民的眼神，炽热得近乎朝拜。李建成站在身侧，袍角被风掀起，侧脸绷得紧，喉结滚了滚，终究是没出声。
李渊喉间发涩。想当年晋阳起兵，二郎身披玄甲，率领铁骑冲锋陷阵，何等意气风发。那时他只觉此子是天赐的将星，是李家定鼎天下的利刃。可如今利刃出鞘，锋芒太盛，竟隐隐有了反噬之势。
虽然心中思绪万千，但面上丝毫不露，始终一副欣慰的神情。
就在献俘仪式结束之后，李渊做出了一个惊人的决定，将已被收为秦王府将领的薛仁杲、宗罗睺等数十名西秦降将于闹市处斩！
除临阵倒戈的翟长孙、梁胡郎与回到陇右招抚诸部落的钟利俗之外，归降的中高级军官几乎无人幸免。
李世民脸色铁青的看着自己的父亲，这位新生的唐王朝的皇帝，心中悲愤，但却不得不服从旨意。
回到了承乾殿，李世民一言不发的坐在堂中，陈明康等一众属官垂手立在阶下，殿内静得只闻窗外风吹梧桐的簌簌声。
陈明康偷眼觑着上座的秦王——玄甲戎装未解，肩头还沾着太庙前的香灰，脸色沉得似要滴出水来。方才闹市处斩的号令传遍长安时，秦王府众人都惊得变了脸色，更遑论这些跟着秦王平定西秦后收编的士卒。薛仁杲虽是降将，却在军中悍勇有威名，宗罗睺更是率部归降的老将，秦王素来爱才，收在帐下不过月馀，竟落得身首异处的下场。
“陛下这是……”长史杜如晦终究忍不住，声音压得极低，带着几分惶惑。
李世民猛地抬眼，眸中寒光迸射，惊得杜如晦瞬间噤声。他一掌拍在案上，青铜酒樽震得哐当作响：“陛下这是敲山震虎！斩的是薛仁杲、宗罗睺，儆的是我秦王！”
陈明康上前一步，拱手沉声道：“殿下息怒。眼下长安城内，陛下与东宫的眼线遍布，陛下此举，怕是既忌惮秦军降兵归心于殿下，又想削去殿下臂膀。只是这般寒了降将之心，往后谁还敢投效我军？”
这话戳中了李世民的痛处，他重重喘了口气，颓然靠在椅背上，指尖掐得掌心发白。
良久，李世民无力的挥了挥手，示意众人退去。众人默默退走，陈明康却迈步向前，拿起笔直接就在案上写下两行字，方才躬身退去。
“或跃在渊，进无咎也。”
李世民盯着这八个字看了许久，他曾以为，凭一身战功，凭麾下铁骑，便能护得住追随自己的弟兄，能在这朝堂上站稳脚跟。可如今才懂，功高震主四字，从来都是帝王心头的刺，拔不掉，便只能忍着疼，将刺藏进血肉里，一旦有了机会，父子之情，又算得上什么。
“呵呵，孤偏要做那腾跃九天的龙！父皇、大兄，且等着吧。”
敲打之后，李渊为安抚李世民，随即加封李世民为太尉、使持节、陕东道行台尚书令、蒲州，陕州，河北诸府兵马并受节度。注1（看作家说）
又加封了一众将领，陈明康因战时力挽狂澜，危急之时杀穿宗罗睺大阵等功劳，进位柱国、加工部侍郎、封爵西河郡公。
陈明康静静听着封赏名单，当中官读到加封秦王为陕东道行台尚书令的时候，心里默默吐槽：好家伙，梵蒂冈三军总司令。除了节制蒲、陕兵马外一点实权都没给啊。