月港的秩序在李之藻的谨慎经营和孙传庭的武力威慑下，如同一株在盐碱滩上艰难扎根的幼苗，虽显稚弱，却终究没有夭折。然而，那些盘踞在深水之下的阴影，从未放弃将这株幼苗连根拔起的企图。黝黑头领的“以合法掩非法”策略在陈三宝案中受挫后，他并未气馁，而是迅速调整了战术。
“李之藻那帮人，眼睛毒，规矩严，硬钻小空子怕是难了。”黝黑头领在密室中，对着几个核心头目阴恻恻地说道，“但他们人手有限，管得了月港一隅，管不了整条海岸线！更管不了……海上！”
他指向粗糙的海图：“咱们的船，挂着‘引票’，规规矩矩在月港交税，运些无关紧要的货。但出了月港，到了外海，该换旗换旗，该卸货卸货！月港查得严，咱们就把‘要紧’的货，存在外海的岛上，或者……直接在海上与蕃船交割！月港那点税收，就当是买路钱、护身符！”
“可是大哥，”疤脸头目担忧道，“孙传庭的水师巡得紧，外海也不安全。”
“水师才几条船？能日夜守着每片海？”黝黑头领冷笑，“咱们分散行动，小船快船，打一枪换一个地方。再说，咱们现在也是‘交了税’的‘良商’，只要不被当场抓住现行，他孙传庭敢随便动咱们的船？就算抓了，只要没脏货，咱们也有说辞！关键是，要把水搅浑。”
他布置了新任务：一方面，安排部分船只继续利用合法身份在月港进行小额贸易，维持表面合规，并伺机收买、拉拢提举司中下层吏员；另一方面，主力走私船队化整为零，利用复杂水道和海上天气，恢复并扩大传统走私网络的隐秘部分，同时开始散布谣言，称提举司“与海寇勾结，坐地分赃”，或“苛税逼反良商”。
几乎与此同时，朝堂之上，反对者也调整了攻击策略。他们不再笼统地否定开埠，而是抓住月港试行中一些具体、看似“不合理”的细节大做文章。例如，有福建籍官员上奏，详列提举司《抽分则例》中某些货品税率“过高”，声称“挫伤商民积极性，致使货流不畅”；有言官弹劾李之藻“任用私人（指周先生等），把持关榷，排斥本地良吏，致使人情汹汹”；更有人将月港互市区外偶发的渔船纠纷（实为旧有利益争夺），渲染成“开埠激起民变前兆”。
这些攻击更为具体，也更具迷惑性。它们不再直接挑战皇帝已认可的“开埠”大政，而是迂回攻击其执行过程中的“弊端”，试图积小弊为大患，最终迫使朝廷放弃。
面对海陆双重的暗流反扑，徐光启的应对也愈发沉稳。他指示李之藻：对于走私网络的外移，不必急于求成、全面出击，可与孙传庭紧密配合，重点打击几股最嚣张、证据最易获取的，务必取得确凿战果，以儆效尤；对于提举司内部，则要加强监察，完善轮岗、复核制度，防微杜渐；对于朝堂攻击，则需以详实数据与清晰条规回应。
他亲自审阅修订了《抽分则例》的争议部分，并附上详细的成本、利润及往年走私价格对比说明，证明税率“实属公允，且有激励合规之效”。对于人事攻击，他则奏请皇帝，派员“暗察”月港吏治，以示坦荡。
然而，徐光启心中清楚，无论是遏制海上走私，还是平息朝堂争议，最根本的利器，还是“格致院”能否拿出更有效、更具说服力的成果。他加紧了对此事的督催。
压力传导至北京的“格致院”。算学科在大量月港数据支撑下，终于初步建立了几种常见船型的“桅高-舱容”经验公式及误差范围表，虽仍粗糙，但已能为实地勘验提供更可靠的参考。匠艺科在经历了无数次失败后，第一台装有简易阻尼装置和改良刻度的“重垂象限仪”样机终于试制成功；同时，一种采用新式磁石组合和铜木复合隔离罩的“抗扰罗盘”也通过了初步测试，受铁器干扰的程度显着降低。
宋应星在月港接到新仪器即将南送测试的消息，精神大振。他深知，这些改进能否经得起真实、复杂的海上环境检验，将直接关系到“格致”之学的信誉，也关系到月港试行能否在技术层面站稳脚跟。他提前清理、校准了测勘所内所有测量基线，并挑选了几位最细心、学习能力最强的吏员，进行强化培训。
不久后，两辆包裹严实的马车抵达月港，送来了数套新仪器和详细的《使用校验须知》。宋应星如同迎接新生儿般，小心翼翼地将它们搬入测勘所。他对照须知，带领吏员反复调试、熟悉新仪器的操作，并在港内几艘固定的参照船只上进行了多次比对测量。
新仪器的表现，远超旧版。“重垂象限仪”在测量桅杆时，稳定性大大增强，读数重复性提高；“抗扰罗盘”在靠近货堆时，指针的偏移明显减小。实测数据与船主申报的容积误差，被控制在了更合理的范围之内。
机会很快到来。一艘来自占城（今越南中部）、载满沉香的商船申请入港。沉香价值高昂，且体积重量估算易生纠纷，历来是勘验难点，也是走私瞒报的重灾区。船主是一位精明的中年商人，眼神中带着惯常的审视与试探。
宋应星决定，以此船作为新仪器的第一次正式“实战”。他亲自带队，使用新式仪器，按照既定流程，一丝不苟地进行测量。船主起初不以为意，但看到吏员们操作着前所未见的、带有奇怪阻尼装置的仪器，神情专注，步骤清晰，报出的数据与自己心中预估越来越接近时，脸色逐渐变得凝重，甚至露出一丝不易察觉的钦佩。
勘验完毕，核税完成。船主看着税单，沉默片刻，忽然向宋应星躬身一礼：“大人所用器皿精妙，计算公允，小人佩服。往昔行商，常因度量争执，损耗心力。若各处关卡皆能如此，实乃商旅之福。”他主动按照税单，足额缴纳了税款，态度恭顺。
这一幕，被许多港区商人看在眼里。消息迅速传开：提举司有了更准的“尺子”，连最难缠的占城沉香商都服气了！
李之藻抓住这个机会，大张旗鼓地表彰了测勘所恪尽职守、技艺精进，并将此次公正勘验、商人心服之事，连同新仪器的简要说明，写成简报，广为张贴，并急报北京。
徐光启接到简报，立即将此事与“格致院”的技术报告结合，形成一份新的奏章。他在奏章中，并未过多渲染，只是平静地陈述：“‘格致院’遵旨研制新式勘验器具，于月港试用，初见成效。占城商船一案，新器显能，勘验公允，商贾悦服，税收足额。此乃以实学佐实务，以精器促公平之微末一例。可见，但以公心研求，以实绩验证，则‘格致’之学，非徒耗钱粮之虚文，实为固海疆、通商旅之利器也。”
这份奏章，连同月港逐渐增长的税收报表（虽仍不算巨大，但趋势平稳），再次送到了万历皇帝案头。皇帝看着“商贾悦服”、“税收足额”、“实学佐实务”等字眼，尤其是将“格致院”的成果与实实在在的税收和商人态度挂钩，心中颇为受用。他再次对张宏肯定道：“徐先生办事，就是踏实。这‘格致院’，看来没白设。”
皇帝的认可，暂时压下了朝堂上那些针对具体“弊端”的聒噪。而月港港区内，随着新仪器带来的公信力提升，以及孙传庭持续对走私船只的精确打击（抓获了两艘证据确凿、试图在外海换旗卸货的船只），原本观望的商人开始更多地转向合规贸易。黝黑头领的“外海策略”遇到了不小的阻碍，散布的谣言也因提举司日益透明的运作和实在的勘验公正性，而逐渐失去市场。
帝国的海洋新秩序，在经历了初期的混乱与反扑后，凭借着一套逐渐严密的规则、一群秉持公心且不断精进技艺的官吏、以及那来自“格致院”的、虽然微小却持续不断的技术推力，终于在这名为月港的“试验田”里，初步扎下了根。这根基尚浅，四周依旧暗流环伺，但它毕竟已经破土而出，并开始向着阳光与海风，缓慢而坚定地生长。而那柄名为“格物致知”的钥匙，也终于在开启“海禁”铁幕的艰难锁孔中，发出了第一声清晰而有力的“咔嗒”声。