随着新疆行省体制的确立与西藏“改土归流”的推进，帝国的边疆治理进入了精细化、制度化操作的新阶段。
对于西藏，强化后的驻藏大臣 成为中央意志在雪域高原的核心体现与执行枢纽；而对于地域更为辽阔、部族关系复杂的蒙古地区，则需在承认其传统社会结构的基础上，构建一套既能维护朝廷权威、又能稳定地方、并可逐步渗透影响的治理框架，其核心便是完善并活用蒙古王公制度。
首先，是驻藏大臣制度的权威化与系统化。
启明四十九年，朝廷在总结前期经验基础上，颁布《钦定藏内善后章程二十九条》（仿历史《钦定藏内善后章程》而更详备），以法律形式确立了驻藏大臣的至高地位与权责：
1 地位与任命：明确规定驻藏大臣“办理西藏事务，地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等”，共同处理藏务。
驻藏大臣由皇帝特简，通常从理藩院 资深大臣、熟悉边情的军机章京或蒙古王公 中遴选，均为二品以上大员，赋予“钦差”头衔。
任期三年，可连任，但需定期向皇帝和军机处详细奏报。
2 职权明细：
人事权：噶伦、代本（藏军军官）等重要僧俗官员的任命，需由达赖喇嘛或噶厦提名，最终由驻藏大臣会同达赖喇嘛共同选定，奏报朝廷批准。
驻藏大臣有权考核、弹劾、罢黜 不称职的噶厦官员。
外交权：西藏一切对外交涉，必须经由驻藏大臣办理。
禁止噶厦或地方头人私自与廓尔喀、布鲁克巴（不丹）、哲孟雄（锡金）及英属印度 等往来。
驻藏大臣衙门设立“夷情章京”，专司外交。
军事权：驻藏大臣直辖一支约两千人 的驻藏绿营兵，驻防拉萨、日喀则等要地。
藏军的规模、装备、调动，需报驻藏大臣核准。驻藏大臣有权巡视各地防务。
司法权：涉及汉人、蒙古人 的案件及藏族内部的重大命盗案件，由驻藏大臣主持或派员会同噶厦审理。
驻藏大臣拥有终审权 和死刑复核权。
财政监督权：噶厦的财政收入（地租、贸易税、罚没等）与支出，需造册报驻藏大臣审核备案。
朝廷赏赐达赖、班禅及各大寺的财物，也由驻藏大臣监督发放。
宗教事务监督权：达赖、班禅及各大呼图克图的转世灵童认定，需按“金瓶掣签”制度进行，由驻藏大臣亲临监督，并报朝廷批准。防止上层贵族操纵转世。
3 保障措施：驻藏大臣衙门配备通译、文牍、卫队，并设驿站、电报房，确保与北京联系畅通。
朝廷拨付专款，用于驻藏大臣衙门的开支及赏赐、赈济之用。
通过《二十九条》，驻藏大臣从以往的“监军”或“协调者”，真正转变为代表朝廷、总揽西藏军政外交的最高长官，达赖喇嘛的世俗权力受到相当制约，中央政府对西藏的统治得到了空前强化。
其次，是蒙古王公制度的完善与运用。
对于广袤的漠南（内蒙古）、漠北（外蒙古喀尔喀各部）、漠西（青海蒙古、新疆蒙古）的蒙古各部，朝廷采取了与西藏不同的策略。
鉴于蒙古地区地域过于辽阔，完全实行流官统治不现实，且蒙古部落传统强大，朝廷选择在保持其札萨克旗制度（世袭旗主）和盟旗 组织的基础上，通过一系列制度安排，将其牢牢纳入帝国统治体系，此即“蒙古王公制”的精髓。
1 爵位封授与朝觐制度：朝廷对归顺的蒙古王公（汗、亲王、郡王、贝勒、贝子、公等）重新厘定爵位，世袭罔替，但需朝廷正式册封（颁发诰命、印信）。
规定各王公需定期赴北京朝觐皇帝，或赴热河行围，以示臣服，并接受赏赐。
这既是荣誉，也是控制。
2 盟旗制度与中央监督：保留蒙古原有的“盟”（若干旗的会盟）和“旗”（基本行政军事单位）建制。
但规定各旗札萨克（旗主）在处理旗内重大事务时，需报所在盟长和朝廷派出的驻扎大臣核准或转奏。
盟长虽由蒙古王公中选任，但需朝廷任命。驻扎大臣有权监督各旗政务、司法，并负责边防、驿传、贸易等事务。
3 兵权控制：各蒙古旗的兵丁（“箭丁”）数量、装备、调动，需报驻扎大臣备案。
朝廷在战略要地驻有直属的八旗 或绿营 兵，以资震慑。
战时，蒙古兵需听从朝廷调遣。
4 司法管辖：蒙古人之间的案件，一般按《蒙古律例》由旗札萨克审理，但死刑案件 和蒙汉纠纷，需报驻扎大臣或理藩院复核。这确保了朝廷的司法终审权。
5 经济笼络与限制：朝廷通过“年班”赏赐、俸禄、贸易特权厚待王公。
同时，限制蒙古王公随意增加属民赋税、摊派，以缓和内部矛盾。
鼓励内地商人前往蒙古贸易（茶、布、铁器换牲畜、皮毛），加强经济联系。
6 宗教引导：尊崇藏传佛教（格鲁派），鼓励蒙古王公贵族子弟入寺为僧，或到北京雍和宫、多伦诺尔汇宗寺 学习，利用宗教纽带加强控制。同时，限制西藏宗教势力对蒙古事务的过度干预。
驻藏大臣派，蒙古王公制。
朝廷通过强化驻藏大臣 在西藏的直接权威，以及完善运用蒙古王公 制度在蒙古地区的间接统治，构建了一套覆盖青藏高原和蒙古草原的、兼具“直接治理”与“间接统治”色彩的边疆控制体系。两者都旨在确保中央政令的畅通、维护国家统一、防范外敌渗透、并逐步推动当地社会经济的有限发展。
然而，制度的有效运转，离不开人的执行与情感的纽带。
在冰冷的法律条文与权力结构之外，朝廷还须运用更为柔性的手段——联姻、羁縻、文化融合——来润滑边疆与中央的关系，在漫长的时间里，潜移默化地塑造“一体”的认同。