当移民的足迹踏遍河西走廊，汉人的村落如星点般散布在天山北路，朝廷对新疆 的实际控制力与日俱增。
然而，其行政体制却仍延续着清朝旧制与本地并存的混乱局面：伊犁将军 统辖北疆军务并节制全疆，参赞大臣、办事大臣、领队大臣 分驻各城，管理驻防八旗、绿营及部分民政；南疆（回部）则主要由伯克（当地头人）制度管理，高度自治，仅受参赞大臣（驻喀什噶尔、叶尔羌等）监督；东部哈密、吐鲁番等地则有回王 世袭。
这种军府制与伯克制并存的多元管理，效率低下，政令不一，且易于滋生地方势力尾大不掉，难以适应“启明”朝加强中央集权、直接治理边疆的战略需求。
与此同时，在帝国西南的西藏，情况更为特殊。
自前明及清初以来，西藏实行政教合一体制，达赖喇嘛 与班禅额尔德尼 为宗教领袖，噶厦政府（由噶伦等僧俗贵族组成）处理世俗政务，清朝则通过驻藏大臣 进行监督和一定程度干预。
然而，驻藏大臣权力有限，且常受制于本地贵族和宗教势力。
西藏内部农奴制 盛行，社会停滞，外部则面临廓尔喀（尼泊尔）、英属印度 的潜在威胁。朝廷在西藏的统治，更多是“羁縻”，而非直接管理。
面对新疆与西藏的不同情况，朝廷采取了“因俗而治，渐进改革”的总体方针，但具体路径迥异。
对于新疆，最终目标是“改土归流”，建立与内地一致的行省制度。
启明四十五年前后，随着北疆汉人移民社区日益稳固，南疆社会经济因与内地贸易（丝绸、茶叶、瓷器）而更加密切，且沙俄在中亚扩张步伐加快，朝廷认为彻底解决新疆行政体制问题的时机趋于成熟。
在多次朝议和实地考察后，皇太子陈弘绪力主推动新疆建省。
新疆建行省的过程，可谓“步步为营，水到渠成”：
1 舆论与人才准备：通过《京报》等渠道，宣传新疆“土地广袤，物产丰饶，实为西北藩篱”，强调直接治理对于巩固国防、开发资源、惠及各族的重要性。
同时，提前数年开始在京师大学堂、西北大学堂 培养通晓蒙古语、维吾尔语、熟悉边情的官吏，储备人才。
2 军事威慑与政治分化：在伊犁、乌鲁木齐 保持足够军事存在，震慑可能的地方反对势力。
同时，拉拢分化回部伯克 和蒙古王公，对愿意合作者，允诺在建省后保留其部分特权、授予虚衔爵位、其子弟可入京学习；对顽固者，则逐步削弱其权力，或以“贪腐”、“不法”等名目撤换。
3 渐进式行政改革：首先，在汉人聚居、统治基础较好的北疆（乌鲁木齐、伊犁、塔尔巴哈台等地），试行设立府、厅、州、县，派流官治理，建立户籍、征收赋税、审理词讼，与内地制度接轨。
取得经验后，逐步向南疆推广。
在此过程中，逐步将原伊犁将军 的民政权力剥离，使其专司边防军务。
4 最终建省：启明四十八年，朝廷正式下诏，裁撤伊犁将军等处旧制，设立新疆省。
省会定于乌鲁木齐（迪化）。
全省划分为镇迪道（北疆）、伊塔道（伊犁、塔城）、阿克苏道、喀什噶尔道 等数道，下设府、厅、州、县。
任命巡抚总揽全省军政，下设布政使（管财政民政）、按察使（管司法）、提督学政（管教育）等。
伯克制被正式废除，原伯克可经考核转为流官佐贰或给予闲职。
回王制度保留，但仅限于哈密、吐鲁番等极少数地区，且权力大为缩减。
驻防八旗、绿营改编为新疆陆军，归巡抚节制。
同时，在格致院协助下，开始全省土地清丈、人口普查、驿道整修、矿产勘探。
新疆建省，标志着帝国对新疆的统治进入了直接、有效、与内地一体化的新阶段，极大地加强了中央对西域的控制，有力遏制了沙俄和英属印度的渗透野心，也为进一步开发新疆资源、巩固西北边防奠定了坚实的制度基础。
对于西藏，则采取了更为和缓、注重传统的“改土归流”，实为“强化监督，渐进变革”。
鉴于西藏政教合一的特殊性和宗教力量的强大，朝廷没有贸然推行“行省化”，而是选择在承认和利用现有体制的基础上，加强中央的监督和控制，逐步推动社会改革。
西藏“改土归流”的核心，是“强化驻藏大臣职权，改革噶厦，限制农奴制”：
1 提高驻藏大臣地位与权力：规定驻藏大臣与达赖喇嘛、班禅额尔德尼地位平等，共同处理西藏重要事务。
驻藏大臣拥有最终核准 噶厦重要人事任命（如噶伦）、外交（与廓尔喀、布鲁克巴等交往）、军事（藏军指挥权部分收归）、司法（复核重大案件）等权力。
驻藏大臣衙门增设属官，扩大编制，并配备小型卫队和电报房，确保政令畅通。
2 改革噶厦政府：在驻藏大臣主持下，对噶厦进行改组，明确其权限，规定其需定期向驻藏大臣汇报政务。
尝试引入少量精通汉藏事务、忠于朝廷的僧俗官员 进入噶厦，以平衡传统贵族势力。
要求噶厦财政预算需报驻藏大臣审核。
3 限制与改革农奴制：这是最敏感也最艰难的一步。
朝廷没有宣布废除农奴制，但通过驻藏大臣颁布法令，禁止农奴主任意杀害、伤残农奴；规定农奴劳役、贡赋的上限；允许农奴在满足一定条件后，脱离原领主，成为“自由民”；鼓励内地商人入藏贸易，带来新的经济因素，冲击旧有经济关系。
同时，在拉萨等地设立“义仓”、“施诊所”，由朝廷和内地捐助，直接救济贫苦藏民，争取底层人心。
4 经济与文化渗透：修筑川藏、青藏 官道，改善交通。
鼓励汉藏贸易，在打箭炉（康定）、拉萨 设立官办茶马司，规范贸易。
在北京、成都等地设立“藏文馆”，培养通晓藏语文的官员。
允许内地僧人到西藏三大寺学经，也邀请西藏高僧到内地讲学，加强宗教文化交流。
新疆建行省，西藏改土归。
朝廷根据新疆与西藏不同的历史、民族、宗教、社会状况，采取了差异化的边疆治理策略。
在新疆，以建立行省实现直接统治；在西藏，则以强化驻藏大臣权力、渐进改革旧制为主。
两者目标一致：加强中央对边疆的控制，巩固统一多民族国家，并为其长远发展创造条件。
新疆建省的成功，为处理其他边疆问题提供了“激进改革”的样本；而西藏的渐进模式，则体现了“因俗而治”的灵活性。
接下来，朝廷需要将“西藏模式”中的关键角色——驻藏大臣 制度化、权威化，并处理好与西藏治理密切相关的另一个广袤区域——蒙古的诸部王公关系，形成一套完整的、覆盖整个北部与西部边疆的治理体系。