离开占城海岸后，船队调整航向，转为西南偏西，正式驶入暹罗湾（今泰国湾）的广阔水域。这里的海况与之前的外海截然不同。
海水从深邃的蔚蓝变为浑浊的黄绿色，这是湄公河、湄南河等大河裹挟泥沙入海的结果。海底地形也从陡峭的大陆坡变为平缓的浅海大陆架，平均水深不过二三十丈，且多有沙洲、暗礁分布。
“定远”号的测深锤每隔半个时辰就要抛下一次。铅锤上涂抹的牛油，每次收回时都沾满细沙或碎珊瑚。
“水深十八丈，底质细沙。”
“水深十五丈，底质淤泥夹杂贝壳。”
“水深骤减至九丈！底质硬沙，可能有暗礁！”
每一次报数，都让舵手林海的眉头紧锁一分。浅海航行，暗礁是最大的噩梦。尤其是那些在退潮时才会露出水面、平时隐藏在水下的“暗沙”和“珊瑚头”，足以在船底撕开致命的口子。
“降半帆，减速。”周振邦果断下令，“‘飞云’、‘逐浪’前出探路，保持目视联络。每半个时辰交换一次水深数据。”
两艘较小的海沧船如灵巧的海燕，驶到“定远”号前方两侧一里处，也开始了密集的测深。三艘船的水深数据被迅速汇总到“定远”号的测绘室，由李慕鱼等学员标注在一张特制的、比例尺更大的“暹罗湾局部海图”上。
“将军，现有海图标注的‘龙王礁’区域，与我们实测的水深和底质完全不符。”李慕鱼指着图纸上的一片区域，“图上说此处水深二十丈，沙底。但我们实测最浅处仅七丈，且有珊瑚碎片。要么是海图错了，要么……这几十年来，泥沙淤积或珊瑚生长改变了地形。”
周振邦俯身细看，面色凝重。海图不准，在深海外海或许只是多走弯路，但在浅海可能就是船毁人亡。
“以实测为准。”他做出决定，“通知各船，暂停使用旧海图的礁石标注，全部依赖实时测深。另外，命令‘飞云’号放下小艇，对最可疑的几处浅点进行抵近侦察，用长竿探底。”
这是一个耗时耗力但必要的措施。“飞云”号的小艇载着四名水手和一名学员，在疑似暗礁区域缓慢划行。水手用长达三丈的竹竿不断探底，学员则记录每次触碰的深度和沙、泥、硬石、珊瑚等介质的手感。
这项工作持续了整整一天。其间，小艇数次差点被突然涌起的浪头打翻，竹竿也折断了三根。但收获是巨大的：他们确认了两处新生成的珊瑚礁头，发现了一处海图标为“深水区”实则水深不足五丈的沙洲，还意外地找到了一条相对安全的深水航道——那是洋流长期冲刷形成的天然水道，两侧是浅滩，中间却有十五丈以上的水深，足够“定远”号通过。
“这是大自然的鬼斧神工，也是老水手的经验。”林海听完汇报后，指着海图上的那条水道，“你们看，它的大致走向和这一带的洋流方向一致。在海上，有时候要相信水的‘记忆’。洋流就像陆地上的河流，会为自己开辟通道。”
李慕鱼如饥似渴地记下这个“经验法则”。他发现，航海不仅仅是技术和测量，更是对海洋规律的理解和直觉。老水手们可能不懂复杂的数学，但他们能从海水的颜色、波浪的形状、甚至飞鸟的动向，判断出水下的大致情况。
船队小心翼翼地沿着新探明的航道前行，速度比之前慢了近一半。但这慢是值得的。第三天下午，当“逐浪”号在右舷方向一里处发现一片刚刚露出水面的礁石时，所有人都惊出一身冷汗——那片礁石的位置，恰好是旧海图标注为“安全水域”的地方。
“如果咱们还按旧图走，现在‘定远’号的右舷很可能已经撞上去了。”周振邦后怕不已，“把这片新礁石命名为‘警醒礁’，标注坐标、范围、最低潮时露出高度。这是咱们此行的第一个‘发现’。”
李慕鱼郑重地在海图上画下新的符号，并在旁边详细注释。他知道，未来不知有多少船只，会因这个标注而免于灾难。
进入暹罗湾的第五天，天气开始变化。
原本稳定的东南季风变得紊乱，天空中出现了罕见的“鱼鳞云”——这是老水手们熟知的风暴前兆。气压计的水银柱也以肉眼可见的速度下降。
“要变天了。”林海抬头望天，鼻子抽动，似乎在嗅着空气中的味道，“不是普通的风浪，是‘海和尚’（水手对热带气旋的俗称）要来了。看这云走的架势，可能从东南方向过来。”
周振邦立刻召集各船管带到“定远”号议事。经验最丰富的林海判断，风暴中心可能还在数百里外，但外围影响很快就会到达。以船队目前的位置，最近的避风港是东北方向约两百里的暹罗（阿瑜陀耶王朝）主要港口“北大年”（今泰国南部），但逆风行驶，至少需要两天，且途中多浅滩暗礁，风险极大。另一个选择是就地寻找背风的岛屿或海湾下锚，硬扛风暴。
“风暴路径不确定，贸然往北大年跑，可能半路就撞上最猛的风眼。”周振邦权衡利弊，“我决定：寻找合适锚地，就地避风。各船立刻检查所有缆绳、帆索、锚具，加固一切可移动物品。火炮、物资全部用绳索固定。所有水密舱门检查密封。”
命令迅速传达。三艘船上顿时一片忙碌。水手们像蜘蛛一样攀上桅杆，用额外的绳索捆绑帆布；甲板上，一切未固定的木桶、工具箱都被移入舱内或用网兜罩住；炮位用粗麻绳和木楔牢牢固定；就连船员们的个人物品，也被要求打包系好。
沈继祚带来的格物院团队，此刻发挥了关键作用。他们负责检查所有精密仪器：航海仪、星盘、磁罗盘、绘图工具，全部用绒布包裹，放入特制的、内衬软木的防震箱中。测绘室的图纸和日志，则被转移到相对干燥安全的军官舱。
“定远”号的改良帆装面临第一次真正的考验。老帆工头仔细检查每一块新式浸油帆布的抗拉接缝，又额外增加了几组备份帆索。“这新帆布轻、韧，但没经过大风大浪。要是被撕破了，咱们就得靠帆骨硬撑了。”
李慕鱼被分配到协助固定测绘仪器。他一边小心地包裹着那个珍贵的“改进型磁罗盘”，一边忍不住问沈继祚：“沈管事，格物院有没有设计过专门抗风暴的船？”
沈继祚苦笑：“怎么没有？鲁院使和徐侍郎一直想造‘低重心、宽底、多水密舱’的耐波船型。但那样的船航速慢，载炮少，水师不愿意要。这次风暴过后，咱们倒可以好好记录‘定远’号在各种风浪下的摇摆幅度、受力情况，回去后都是改进设计的宝贵数据。”
傍晚时分，风暴的前锋到了。
起初只是风力增强，海浪变大。但到了深夜，情况急剧恶化。风力增强到至少八级，海浪高达两丈以上，狠狠拍打着船体。暴雨倾盆而下，能见度降到不足五十步。
“定远”号在波涛中剧烈起伏、摇摆。每一次船头扎进浪谷，海水就漫过前甲板；每一次船尾被浪抬起，螺旋桨（明船为橹舵）都空转着露出水面。
周振邦亲自在舵室压阵。林海双手紧握舵轮，青筋暴起，依靠多年经验，努力让船头保持与浪涌成一定角度，避免被横浪打翻。即便如此，船体的倾斜角度时常超过三十度，舱内未固定的物品纷纷滑落，传来阵阵碎裂声。
最惊险的一次，一个巨浪从右舷侧后方拍来，船体猛地向左倾斜，甲板几乎垂直于海面！所有人都以为要翻了，李慕鱼死死抱住一根柱子，闭上眼睛。千钧一发之际，船体凭借自身浮力和压舱石配重，又艰难地、缓慢地摆正回来。
“左舷后锚链断裂！”有水手嘶声报告。
“备用锚准备！”周振邦的声音在风雨中依然稳定，“检查所有水密舱！”
李慕鱼被派去检查下层货舱。他提着防风油灯，沿着湿滑的梯子下去。舱内一片狼藉，但格物院的那些特制箱子大多完好——它们被特意设计成低重心、带卡榫的结构。唯有那几口“防腐淡水池”陶缸，因为体积太大，虽然用绳索固定，仍有一口在剧烈摇晃中出现了裂痕，淡水正汩汩渗出。
“可惜了……”李慕鱼试图用帆布和胶泥临时堵漏，但效果有限。他意识到，在真正的恶劣海况下，任何不够坚固、不够精简的设计，都可能成为弱点。
风暴肆虐了整整一夜。所有人都精疲力尽，但无人能眠。直到次日午后，风雨才逐渐减弱。天空虽然依旧阴沉，但海浪已降到一丈以下。
“清点损失！”周振邦双眼布满血丝，但语气依然有力。
“定远”号：左舷后锚丢失，前桅中段一道帆骨轻微开裂，三处甲板木板松动，一口淡水缸破裂，损失淡水约五十担。
“飞云”号：船艏包铁被礁石，也有可能是随风浪移动的漂浮物等刮擦凹陷，一处帆索滑轮组损坏。
“逐浪”号：相对完好，仅部分帆布被撕裂。
人员：七人碰撞或滑倒，受了轻伤，好在无人重伤或落水。
仪器：一台星盘因固定不牢跌落，镜片碎裂；其余主要仪器完好。
“不幸中的万幸。”周振邦松了口气，“传令：修复损坏，清点剩余淡水。各船报告位置。”
风暴将船队向西北方向推了约八十里。现在他们位于暹罗湾中部偏西，距离陆地反而更近了。根据星象和残留的磁罗盘读数判断，前方应该就是暹罗王国东南沿海的“春武里”地区。
“因祸得福。”周振邦看着海图，“这里离暹罗的主要港口和都城更近了。修正航向，目标：暹罗湾西岸，寻找合适地点靠岸修整，并尝试与暹罗官方接触。”