太子费利佩的病榻，成了西班牙权力格局的焦点。御医们束手无策的发热咳血，在杨清带来的“异域疗法”——强调严格隔离、保持空气流通、大量饮用煮沸后冷却的清水（并结合了少量具有镇静消炎作用的草药汁液）——的干预下，竟奇迹般地稳住了病情，并在一周后开始缓慢好转。
虽然这很大程度上得益于费利佩相对年轻的体魄和现代卫生观念带来的交叉感染减少，但在所有人眼中，这无疑是杨清又一次“神奇知识”的胜利，甚至被一些人私下称为“神迹”。太子费利佩在病体稍愈后，对杨清的信任达到了无以复加的程度。
这次疾病极大地损耗了费利佩的精力和本就偏于多疑谨慎的心性。面对日益繁重的帝国事务（其父卡洛斯一世已正式决定退位，将西班牙、尼德兰、意大利领地及海外帝国交给费利佩，神圣罗马帝国帝位交给其弟斐迪南），他感到力不从心。
公元1556年，卡洛斯一世退位，费利佩加冕为西班牙国王腓力二世。登基大典辉煌隆重，但新国王苍白的面容和偶尔的咳嗽，让许多观察家心生忧虑。
加冕后不久，腓力二世做出了一项震惊朝野的决定。他颁布敕令，设立“首席王室顾问暨摄政大臣”一职，总揽王国军政、财政及海外事务大权，仅在最重要决策上需向国王本人汇报。而担任此职的，正是杨清！
敕令中列举了杨清为解决财政危机、改良军备、开拓航路、乃至“护佑圣体”所立下的不世之功，称其“智慧深如海，忠诚比金石”，是辅佐国王治理庞大帝国的“天赐之才”。
这道敕令，如同在平静的湖面投下了一颗巨石。反对声浪骤然掀起。以门多萨公爵为首的保守贵族集团激烈反对，认为这将导致王权旁落，甚至公开质疑杨清的信仰和动机。一些地区议会（rtes）也表达了担忧。
然而，杨清和塞尔达、贝拉瓜等盟友早已做好了准备。
经济上，精铸钱厂和联合远洋贸易公司已成为王国不可或缺的财政支柱，无数贵族、商人的利益与之绑定。杨清巧妙利用这一点，暗示若政治不稳，将影响所有人的钱袋。
军事上，一批受过杨清恩惠、坚信其才能的少壮派军官（主要来自炮兵和海军）公开表示支持摄政大臣。改良后的火炮和新型舰队的威力，已初露锋芒。
舆论上，被杨清资助的印刷作坊开始大规模宣传其政策带来的繁荣与强盛，将他塑造成带领西班牙走向黄金时代的引路人。
更重要的是，国王腓力二世的意志非常坚定。病痛的折磨和对杨清能力的绝对信赖，让他决心将重担交托。在国王的强力支持和既成事实的利益网络面前，反对者的声音很快被压了下去。
杨清，这位来自东方的异乡人，正式成为了西班牙帝国实际上的掌控者——摄政王。他站在了权力的顶峰，开始以无可阻挡的意志，塑造这个帝国的未来。
他的第一个重大行动，是金融革命。
他以摄政大臣的名义下令：
1 成立西班牙王家银行： 以精铸钱厂和贸易公司庞大的资本为准备金，发行标准化的、可与金银兑换的银行券，逐步取代沉重且成色不一的金银币在大宗交易和远程贸易中的职能。这极大地促进了资本流动和商业活动。
2 统一王国税制： 开始着手清理混乱不堪的地方税卡和特权，建立中央直管的税务体系，以财产税和所得税逐步取代传统的、效率低下的人头税和商品税，确保财政收入的稳定和公平。
3 发行“爱国公债”： 以国家信用为担保，面向全体国民发行长期债券，利率优厚，募集资金用于基础设施建设和军事扩张。此举将国家命运与民众利益更深绑定，也吸纳了民间闲散资本。
这些措施触动了无数传统势力的奶酪，阻力巨大。但杨清手握军政大权，以铁腕推行。任何敢于公然抗命或阳奉阴违的贵族或地方官员，都会面临税务稽查、军事威慑甚至直接的政治清算。门多萨公爵试图联合旧势力反扑，但杨清迅速调动了其情报网络收集的、关于门多萨家族贪腐和不法行为的铁证，在王室法庭上对其进行了公开审判。在确凿的证据和国王的默许下，门多萨公爵被剥夺爵位和大部分领地，家族势力彻底瓦解。“苍白之影”也随之销声匿迹，仿佛从未存在过。
铲除了最大的内部敌人，杨清的权威再也无人能够挑战。他开始将目光投向更广阔的欧洲舞台。他知道，统一欧洲的霸业，光有金钱和内部稳定是远远不够的，还需要一支战无不胜的军队和一套高效的国家机器。