抓到残余势力的成员后，沈砚更加意识到清查残余势力的紧迫性。他立刻召集手下的将领和官员，在书房里召开紧急会议，商议清查残余势力之策。
“如今，残余势力的活动越来越猖獗。他们散布谣言，挑拨民族矛盾，刺杀官员，袭击士兵。若不尽快将他们一网打尽，必成大患。”沈砚坐在主位上，目光扫过众人，沉声道，“诸位有何清查残余势力之策，不妨说来听听。”
一名将领出列，拱手道：“元帅，依末将之见，可在三州之地实行保甲制度。十户为一甲，十甲为一保。保甲长负责监督本保甲的百姓，若发现残余势力的成员，立刻向官府报告。同时，在各州县设立关卡，严格盘查过往行人。”
一名官员出列，拱手道：“元帅，依下官之见，可悬赏捉拿残余势力的成员。凡举报残余势力成员者，给予重赏；凡抓获残余势力成员者，给予更高的奖赏。这样，就能调动百姓们的积极性，让残余势力无处遁形。”
另一名官员道：“元帅，下官以为，可对原敌军的将领、贵族和士兵进行登记造册。凡愿意归顺朝廷者，既往不咎；凡继续顽抗者，严惩不贷。这样，就能分化瓦解残余势力。”
众人纷纷发言，提出了各种建议。沈砚仔细听着，不时点头。待众人发言完毕，他才缓缓开口：“诸位所言，皆有道理。保甲制度、悬赏捉拿、登记造册，这些都是清查残余势力的有效措施。我决定，将这些措施结合起来，在三州之地展开全面的清查。”
沈砚当即下令：“第一，在三州之地实行保甲制度。十户为一甲，十甲为一保。保甲长由百姓们推选产生，负责监督本保甲的百姓。若发现残余势力的成员，立刻向官府报告。若有隐瞒不报者，与残余势力同罪。第二，悬赏捉拿残余势力的成员。凡举报残余势力成员者，赏银五十两；凡抓获残余势力成员者，赏银一百两；凡抓获残余势力首领者，赏银一千两。第三，对原敌军的将领、贵族和士兵进行登记造册。凡愿意归顺朝廷者，既往不咎，可根据其才能，安排相应的职务；凡继续顽抗者，一经抓获，严惩不贷。第四，在各州县设立关卡，严格盘查过往行人。凡形迹可疑者，一律带回官府审查。”
众人纷纷领命而去。
清查工作立刻在三州之地展开。保甲制度的实行，让百姓们互相监督，残余势力的成员很难再隐藏在百姓之中。悬赏捉拿的政策，调动了百姓们的积极性，许多百姓纷纷向官府举报残余势力的成员。登记造册的工作，分化瓦解了残余势力，许多原敌军的将领、贵族和士兵纷纷归顺朝廷。关卡的设立，严格盘查过往行人，让残余势力的成员很难在各州县之间流窜。
在宁安州的一个村庄里，保甲长发现了一名形迹可疑的男子。这名男子自称是商人，但他的言行举止却十分可疑。保甲长立刻向官府报告。官府的士兵赶到后，将这名男子带回官府审查。经过审查，发现这名男子竟然是残余势力的一名小首领。
在定北州的一座城镇里，一名百姓向官府举报，称他的邻居是残余势力的成员。官府的士兵赶到后，将这名邻居抓获。经过审查，证实了这名百姓的举报。官府按照悬赏政策，给予了这名百姓五十两赏银。
在怀远州的一条路上，关卡的士兵盘查过往行人时，发现了一名形迹可疑的男子。这名男子携带了大量的兵器和粮草。士兵们立刻将这名男子带回官府审查。经过审查，发现这名男子是残余势力的一名士兵。
清查工作进展得十分顺利。在短短一个月的时间里，官府就抓获了数百名残余势力的成员。残余势力的活动受到了沉重的打击，他们的势力大大削弱。
沈砚得知清查工作的进展后，心中稍安。但他知道，残余势力的首领还没有落网，他们随时都可能卷土重来。他下令，继续加大清查力度，一定要将残余势力的首领抓获。
这一日，一名归顺朝廷的原敌军将领向沈砚报告，称残余势力的首领隐藏在怀远州的深山老林里。沈砚闻言，精神一振，道：“立刻集合军队，随我前往怀远州的深山老林，捉拿残余势力的首领。”
军队集合完毕后，沈砚亲自率领，向怀远州的深山老林进发。他知道，这是彻底清除残余势力的关键一战。他必须抓住这个机会，将残余势力的首领一网打尽，稳定三州之地的局势。