因为张好古的病重，不能事事，黄祥诸人对战事要求少了很多，再等朝廷的回文，护国军也收缩了出战任务，清军一下子觉得青山关这条路顺畅了起来，觉得又行了。
清军侵占济南之后，并没有像急于撤退，而是大模大样地在这座山东首府一直驻扎到了三月。
城头上竖起了八旗的旗帜，城楼、衙署、官宅都被改成清军将领的营盘。街巷之间，原本的大明官署牌子被砸得粉碎，有的被劈了当柴烧，有的被丢在泥水里任人践踏。
城中的鼓楼大钟，也被清军用来报时、集合队伍，每一次钟鸣，都像敲在济南百姓的心上。
没了卢象升的明军，仿佛被抽掉了脊梁。朝廷新的指挥体系混乱不堪，各路将领心怀鬼胎，谁也不愿出头当“先登死士”。
他们远远地扎下营寨，只是派出少量斥候，在清军游骑不敢靠近的地方逡巡，偶尔用望远镜、远远的高坡看一眼济南城方向扬起的烟尘，就又缩了回去。
军报往来不断，却总是一个调子：“敌势甚炽，未可轻进”“俟各路兵马齐集，再议进止”。
于是，清军在济南城里休整，明军在城外空耗粮饷，时间一天天拖过去，济南成了一座被世界遗忘的城。
在济南，清军一边休整兵马，一边将这座繁华的城市当成了一块任人宰割的肥肉。
起初，他们还只是“有组织”地抢掠。八旗兵挨家挨户敲门，把“顺从”的百姓赶到街上，稍有迟疑，就是一刀劈下。
门被踹开，箱子被撬，柜底被翻，地窖被挖开。金银细软被装进布袋，绸缎衣裳被扯下来，成匹的布帛被捆在马上，来不及带走的，就被刀划烂、被火烧掉，只留下呛人的焦糊味。
很快，“有组织”变成了彻底的放纵。
夜里，济南城中火光冲天。清军士兵成群结队地在街上呼啸而过，看到顺眼的女子，直接拖拽而去。
哭喊声、求饶声、惨叫声，被醉酒的狂笑声淹没。有的女子被拖到大街上当众凌辱，有的被带进军祸害，事后稍有反抗，便被一刀刺死，尸体像垃圾一样丢到城外的护城河边。
许多人家为了保全清白，只能将女儿藏进地窖、柴房、井边暗洞。可清军为了搜寻财物，连井都不放过，把井栏撬开，把水搅浑，用长矛往深处乱捅。一旦发现有人，便像抓牲畜一样拖出来，男的当场斩杀，女的拖走，后果可想而知。
城中的庙宇、书院也难逃毒手。文庙的匾额被砍裂，孔子牌位被扔在地上，被马蹄践踏。
书院里的藏书被当成引火之物，一摞摞地丢进火堆，纸灰漫天飞舞，落在街道上，像一层黑色的雪。佛像被推倒，金身被刮得干干净净，只留下残破的泥胎。
清军士兵在城中随意杀人取乐。有人因为走路太慢，被一刀砍倒；有人因为眼神不服，被当场刺死；还有人只是因为会写字，被怀疑是官员，直接拖到街口斩首示众。
尸体起初还被草草拖到城边，后来干脆就扔在巷子里，任由野狗撕咬，血流成河，汇成一条条黑色的腥臭小溪，从街道流进排水沟，再流到护城河里。
城中的井水渐渐被血水、尸毒污染，许多百姓不敢再喝，只能冒险去远处的小河打水，而小河边往往又有清军游骑巡逻，稍有不慎，就是丢命的下场。
瘟疫在悄无声息中蔓延，有人开始发烧、呕吐、皮肤发黑，倒在门口、巷尾，甚至夜里一觉睡下，第二天就再也起不来。
清军对这些视而不见，他们只关心一件事：能带走多少东西。
于是，在济南休整的同时，他们不断派兵到附近的州县抢掠。一支支军队从济南出发，像一把把尖刀，扎向周边的府县。
他们到了泰安，先在城外列阵，假意喊话劝降：“开门免死，抗拒屠城。”着泰安沦陷，泰安城中的大户人家被洗劫一空，有的全家被赶到院子里，男子被集中斩杀，女子被挑出来分给八旗兵，稍有反抗，便被拖到柴堆上活活烧死。
家中的字画、瓷器、家具，凡是不能带走的，全被砸烂，只留下一地碎瓷片和木屑。
在兖州，清军骑兵闯入集市，正值赶集之日，人群密集。他们突然发起冲锋，马刀挥舞，把赶集的百姓当成了练兵的靶子。
有人被马蹄踏翻在地，有人被刀从背后砍倒，头颅滚落在地上，眼睛还圆睁着，看着自己的摊子被马蹄踩烂。
清军士兵在集市上纵马奔驰，把粮袋挑破，任由粮食撒在地上，再用马蹄来回践踏，说这是“免得留给明人”。肉铺里的肉被挂在长矛上，像挂着一块块战利品。酒肆被砸开，酒坛被劈碎，酒水在地上汇成一条“酒河”，士兵们在里面打滚、狂笑，喝醉了就随便拉过身边的人砍杀取乐。
在济宁，清军把沿河的商铺洗劫一空，将商船拖上岸，把船板拆下来当柴烧，把船里的货物全部抢走。运河上曾经繁忙的船只，如今只剩下被烧毁的船骸，在水面上随着波浪起伏，像一具具浮尸。
沿岸的居民被赶到河边，若是不肯交出金银，就被直接推入河中，让他们在冰冷的水里挣扎，直到被淹死。
在青州，清军把府学里的生员集中到一处，让他们跪在地上，逐个盘问家世。富有的，当场逼问藏银之地；贫穷的，被当成杂役使唤，稍有怠慢，就被乱刀砍死。府学里的碑刻被撬起，用来铺路，让清军的战马在上面踏来踏去，以“压一压明人的文气”。
清军所到之处，烧杀淫掠，寸草不生，刮地三尺。
他们不只是抢金银，还抢人口。年轻力壮的男子被挑出来，用粗麻绳拴成一串，像牲口一样驱赶着走；稍有走得慢的，就被马鞭抽得皮开肉绽，甚至被长矛从背后捅穿。年轻女子被强行掳走，有的被分给士兵当“妻”，有的被当成玩物，夜里被祸害，白天还要背负重物、伺候清军。
孩子也不放过。年纪稍大的，被拉去当小杂役，给清军喂马、打水、烧火；年纪小的，有的被直接摔死在石头上，有的被丢进井里，只为了逼问父母是否还有藏匿的财物。
有些清军将领甚至拿孩子当赌注，赌谁能一箭射穿远处的小孩，笑声在血迹斑斑的街道上回荡。
牲畜更是被搜刮殆尽。牛、马、驴、骡，凡是能拉车、能驮物的，全都被牵走。鸡、鸭、猪、羊，能当场宰杀的就当场吃掉，吃不完的就用绳子串着脖子，成群结队地往济南赶。
乡村里原本一片兴旺的田野，如今只剩下被踩烂的庄稼、被推倒的篱笆和被烧毁的农舍。
清军还对土地“刮地三尺”。他们挖开百姓的祖坟，把棺材撬开，看里面有没有陪葬的金银珠宝；他们拆毁房屋，把梁柱、门窗劈下来当柴烧，把砖头、石块当成修补城墙、加固营寨的材料。
一些村落被彻底抹平，只剩下烧焦的地基和散落在地的破碗、碎布，仿佛这里从来没有人居住过。
在许多地方，清军还实行“屠村”。只要听说哪里曾经有人给明军送过粮、当过向导，或者仅仅是因为有人“看不顺眼”，他们就会把全村人赶到一块空地上，先逼问金银，再把男子全部斩杀，把女子掳走，把剩下的老人、孩子扔进火里。大火烧起来的时候，惨叫声直冲云霄，连飞鸟都是绕城而过。