当朝廷忙于在烟囱与机床间调和劳资、编织脆弱的社会安全网时，另一条关乎帝国根基——人口数量与质量——的战线，也在寂静中激烈进行。
千百年来，瘟疫，尤其是天花（时称“痘疮”或“虏疮”），如同盘旋在华夏大地上空的死神之翼，周期性收割着无数生命，无论贵贱。
皇子皇孙亦不能免，顺治帝疑因天花早逝，康熙帝因出过痘而被选立，便是明证。
对于志在“启明盛世”、追求“人丁兴旺”的陈远朝廷而言，战胜天花，不仅是仁慈，更是巩固国本的要务。
幸运的是，一种有效的武器早已传入，却长期被束之高阁或局限于宫廷——人痘接种术。
明末清初，人痘法（取天花患者痘痂研末吹入鼻中或种于皮肤）自西域或南方传入，虽有风险（约2-3死亡率），但远比天花自然感染（死亡率可达30）安全。
此法在江南民间及部分官宦之家已有流传，但始终未成国家。
启明 朝对天花的防治，始于继承与系统化。
陈远早年即令太医院 整理研究人痘法，筛选“熟苗”（传递多次、毒性减弱的痘痂），制定相对安全的接种流程，在皇室、宗室、八旗及京营将士中强制推行，效果显着，皇室及核心武力自此基本免于天花之虞。
然而，真正带来革命性突破的，是牛痘 的引进与推广。
启明二十年前后，关于英国医生琴纳（edward jenner）发明牛痘法的消息，通过广州 的西洋商人、澳门 的葡萄牙医生以及后来的耶稣会士 和留学归国人员，传入中国。
格致院医学科（隶属格致院）的学者敏锐地注意到其报道的“取牛痘浆种人，可终身免天花，且更为安全”的信息，大为振奋。
启明二十五年，在首席大学士徐光启（亦通医学）支持下，格致院通过英国东印度公司 驻广州商馆，重金聘请了一名曾为英侨接种牛痘的外科医生，并设法获得了牛痘疫苗（最初以“牛痘浆”形式，保存在捐赠的活体牛或接种后的孩子手臂上接力传播）。
疫苗经海路辗转，保存极为困难，首次尝试几近失败。
但朝廷决心坚定。
启明二十七年，在多次失败后，终于在广州成功地为数名幼童接种了牛痘，并经过观察，确认其安全有效，且随后接触天花病人亦未感染。
消息奏报北京，陈远立即下诏：“牛痘之法，泽被生民，功莫大焉。
着即于广州设立 ‘ 种痘局’， 由太医院 与格致院选派干员，会同西医，悉心研究，广为传授。
并诏谕天下，劝民种痘。”
真正的医疗改革与全民防疫体系，由此拉开序幕：
1 建立“官痘局”体系：以广州种痘局 为总枢和培训中心，逐步在各省省会、主要府城 设立“官痘局”。
由朝廷拨款，选拔本地医生入广州学习牛痘技术，合格后回本地主持痘局。
痘局提供免费 或象征性收费 的牛痘接种服务。
这是中国历史上首次建立国家主导的、覆盖全国的免费公共卫生服务网络。
2 “痘师”培训与认证：太医院与格致院编纂《牛痘新法全书》，详细规定取苗、接种、护理、辨症全过程。对通过培训考核的医生发给“痘师凭照”，准其行术。
禁止未获凭照者私自施种，以防庸医害人或使用不安全的“人痘”冒充。
3 疫苗供应链的艰难维持：牛痘疫苗需要活体传承，最初靠“臂膀传臂膀”——将痘浆从已接种成功的孩子手臂上，取浆接种给下一个孩子，如此接力。
朝廷下令，各痘局需常年保有数名“痘童”（多为官养孤儿或贫家子，给予优厚待遇），专门用于保存和传递疫苗。
同时，鼓励民间“痘苗贩”（持有安全痘浆的行走医生）在偏远地区活动，由官府监督。
后来，随着与欧洲交流加深，开始尝试用甘油 保存疫苗，并通过冰窖、快船运送，但成本极高。
4 行政强制与劝导结合：朝廷政策逐步从“劝导”转向“半强制”。
规定：八旗、绿营兵丁及其子弟必须接种；官学、新式学堂学生入学需查验“痘疤”或种痘证明；参加科举的童生、参加新军招募者，需有种痘记录。
地方官员推行种痘的成效，被纳入“教化”考核。
同时，广泛利用乡约、善堂、说书人、白话告示 等形式，宣传种痘之利，破除“痘神”、“胎毒”等迷信观念。
5 纳入“新政”与“保甲”体系：将种痘推广与“编查户口”、“建立保甲”结合，保甲长负责督促辖区内适龄孩童（尤其新生儿）赴痘局种痘，并登记造册。
地方官定期核查。
推广过程充满阻力。
民间有“以畜疫防人疫，荒诞不伦”的质疑，有“身体发肤受之父母，不可毁伤”的迂见，更有对官府的不信任（怕成为“药引”或实验品）。
但朝廷以极大的耐心和持续的投入，坚持推行。
皇室、高官率先垂范。
成效随着时间推移逐渐显现：接种牛痘的地区，天花发病率与死亡率断崖式下降。昔日令人生畏的“痘殇”惨剧日益减少。
医疗改革深，牛痘灭天花。
牛痘的引进与由国家主导的全民接种体系的建立，是“启明”朝在公共卫生领域取得的最辉煌成就之一，其意义甚至超越了许多政治经济改革。
它不仅直接拯救了数百万计的生命，极大地缓解了民间对“痘灾”的恐惧，更标志着帝国开始以一种科学 的、有组织的、预防为主 的现代理念来应对公共卫生问题。
这场胜利，为其他传染病的防治（如尝试推广奎宁治疗疟疾、隔离防治霍乱）积累了经验，也推动了传统中医与西洋医学的有限交流与借鉴。
更重要的是，人口因天花死亡率骤降而带来的潜在增长动力，即将与相对稳定的政局、发展的经济、改善的营养（番薯、玉米推广）等因素叠加，引发一场帝国历史上空前的人口爆炸。
如何应对激增的人口带来的土地、就业、粮食、教育等一系列压力，将成为“后陈远时代”的统治者们面临的全新考验。