五世达赖喇嘛坐床后，格鲁派在蒙古土默特部的支持下，度过了十来年的平稳时光！
当时整个中国的政治形势正经历改朝换代的大变动。
明朝在农民起义的打击下摇摇欲坠，满族在努尔哈赤及其儿子皇太极的领导下兴起，建立了后金。
蒙古察哈尔部的林丹汗打垮了土默特部，随即又被后金打败。
公元1632年，喀尔喀蒙古部的却图汗在喀尔喀部的一场动乱中被驱逐，率部南下青海，征服了在青海的土默特部。
却图汗在宗教上支持噶玛噶举派，受政治同盟者察哈尔部的林丹汗的影响，对格鲁派采取敌视的态度，监禁和杀害在青海的格鲁派僧人。
与此同时，康区的白利土司顿月多吉，占领了康区的德格等地方，
顿月多吉是苯教信徒，反对佛教，
尤其是打击萨迦、格鲁、宁玛三派的寺院，把僧人们逮捕监禁。
在噶玛噶举派红帽系活佛的撮合下，
第悉藏巴和却图汗、白利土司，三家结成了针对格鲁派的联盟，立誓要彻底摧毁格鲁派的势力。
却图汗还与原来倾向于格鲁派，但后来改信噶玛噶举派的察哈尔部的林丹汗结成更大的政治军事联盟，
计划合兵控制青海、西藏，共同支持噶玛噶举派，在青海建立根据地。
公元1634年，林丹汗率领部众前来青海，
但因病卒于途中的大草滩，却图汗与林丹汗会盟的目的，未能实现。
公元1635年，却图汗派他的儿子阿尔斯兰带兵一万从青海进藏，
准备联合藏区的第悉藏巴消灭格鲁派，
这举给格鲁派造成极大的恐慌和危机。
只是由于阿尔斯兰进藏后改变了其父的方针，想要先打垮第悉藏巴，再对付格鲁派，建立自己在西藏的统治，
从而打乱了其父却图汗原先的计划，才使格鲁派幸存下来。
在这种情况下，格鲁派由五世达赖喇嘛身边的侍从官—索南饶丹主持，
派人到新疆去请当时信奉格鲁派的蒙古漠西卫拉特四部的首领固始汗发兵援救。
公元1636年年底，卫拉特的和硕特部首领固始汗，带兵进入青海，
并在次年消灭了占据青海的却图汗，接着又出兵攻灭了康区的白利土司，
从而使格鲁派黄教，转危为安。
公元1642年，五世达赖喇嘛二十六岁之时，
格鲁派又请固始汗带兵进藏，
以双方联合的力量攻灭了第悉藏巴，取得了藏区地方的政教大权，建立了政教合一的甘丹颇章政权，
在这过程之中五世达赖的侍从官索南饶丹，是出了大功的！
由此，格鲁派黄教与和硕特蒙古，开始联合统治藏区，
其中，和硕特固始汗掌握军权，
其儿女亲家，五世达赖的侍从官——索南饶丹，为新政府的第悉藏巴，掌握行政权！
五世达赖和四世班禅，这对师徒两人，则掌握神权和寺庙财政权！
藏区甘丹颇章政权，由此分裂为两股势力，
分别为：
掌握军权和行政权的，和硕特固始汗和其儿女亲家第悉藏巴索南饶丹！
掌握神权和寺庙财政权的四世班禅和五世达赖这对师徒！
为了控制整个藏区的甘丹颇章政权，
没有军权支持的四世班禅和五世达赖这对师徒，此刻急需寻找外来军方势力，以摆脱吉祥物，成为真正的藏区甘丹颇章政权的政府首脑，
正是基于如此考量，四世班禅大师才会亲自来到大明，并答应隆武帝的十七条协议，还给徒弟五世达赖去信！
五世达赖喇嘛，虽然被尊奉为甘丹颇章政权的最高领袖，
并在公元1644年，开始动工兴建布达拉宫，作为其住所，
同时扩大了麾下侍从机构和人员，
表面上看，确实使五世达赖喇嘛高居于藏传佛教各教派的各个活佛之上，成为藏传佛教中一个特殊的活佛。
同时，固始汗还赠给四世班禅“班禅博克多”的称号，
使班禅成为格鲁派的另一个重要的领袖，
但具体的行政事务，则由固始汗任命的第巴索南饶丹所掌握！
因为在五世达赖阿旺罗桑嘉措成年之前，
黄教格鲁派的大权一直由四世达赖的侍从官索南饶丹掌控，
后来，虽然五世达赖阿旺罗桑嘉措成年后，拥有了一定的权力，
但核心决策权，始终还在索南饶丹手中！
刚开始黄教格鲁派，引和硕特固始汗大军入藏之前，五世达赖阿旺罗桑嘉措就非常反对，
毕竟藏区之前的活佛转世制度的确立和发展，是由中央政府决定的，始终坚持政权大于教权的原则。
而活佛转世制度始于噶玛噶举派，这一制度的形成与中央政府的权威密切关联。
公元1288年，攘琼多吉被认定为楚布寺高僧噶玛拔希的转世，
由此开创了活佛转世制度。
攘琼多吉于公元1332年应召到元大都（今北京）拜见大元顺帝并传法，
元顺帝赐予其“圆通诸法性空佛噶玛巴”等封号，并赐敕书、国师印等。
通过封赐，其转世活佛的合法身份和合法地位得到了元朝中央政府确认，
其“噶玛巴”名号也经中央政府封赐得以使用传承，
活佛转世，也由此从民间自发性而被赋予法理意义，得以真正形成制度。
自然达赖喇嘛转世系统的形成与发展也与大明中央政府的管理密不可分。
公元1546年，年幼的索南嘉措被认定为上任住持根敦嘉措的转世。
公元1587年，万历十五年，明朝中央政府封三世达赖喇嘛索南嘉措为“朵儿只唱”，
意为“金刚持”，赐印，准许进贡。
这是达赖喇嘛转世系统，首次受到中央政府的封赐，
也标志着这一转世系统得到了中央政府的正式确认。
没有政府批准和确认，达赖喇嘛转世系统就不可能形成。
之后，黄教格鲁派寺院集团追认宗喀巴的门徒，根敦珠巴（1391—1474）为一世达赖喇嘛，
根敦嘉措为二世达赖喇嘛，
索南嘉措为三世达赖喇嘛，由此，正式形成了达赖喇嘛转世系统。
正因为达赖喇嘛转世系统，首创于明朝，且得到了大明王朝的认可，
故，后世历代达赖，皆对大明王朝心存感激！
大明万历四十四年，公元1616年，
大明万历皇帝，赐给四世达赖喇嘛云丹嘉措“恰达朵儿只唱”，“普持金刚佛”封号和印信，
进一步巩固了达赖喇嘛在格鲁派中的地位和影响。
公元1622年，明朝天启二年，
五岁的阿旺罗桑嘉措，在四世班禅的主持下，被确认为四世达赖喇嘛的转世灵童，并被迎入哲蚌寺，拜四世班禅为师，跟随其开始学习佛经。
同年，五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措，得到了来自大明天启帝的册封，
成为了新一任的“朵儿只唱”、“普持金刚佛”！
正因如此，五世达赖阿旺罗桑嘉措，乃是大明朝册封的，
故，内心之中对大明王朝，还是心存感激的，
当时才反对侍从官索南饶丹，引和硕特固始汗大军入藏，
由此，两人结下矛盾！
后来固始汗大军入藏，推翻藏巴王朝，建立和硕特王国，
并在卫藏地区，建立以五世达赖、四世班禅师徒为领袖的甘丹颇章政权，
但甘丹颇章政权的实际控制权，却被固始汗，交给了自己的儿女亲家索南饶丹，
并任命索南饶丹为甘丹颇章政权的第一任第巴！
同时规定，卫藏甘丹颇章政权的行政命令，必须经由他固始汗盖印、才能发布执行，
而执行，则由第巴索南饶丹负责！
自此，卫藏甘丹颇章政权的领袖五世达赖、四世班禅，两人彻底被架空，成为了吉祥物！
同时，固始汗为了寻求政治靠山，还派出了以伊拉古克三为首的代表团前往盛京。
公元1642年，代表团一行人始到盛京，皇太极出城亲迎，
“率众拜天，行三跪九叩之礼”，表明了后金对征取蒙藏各部的重视。
皇太极对代表团给予了优厚赏赐。
次年，皇太极遣使随同伊拉古克三一行赴藏，分别致函赏赐固始汗、达赖、班禅及第悉藏巴索南饶丹等人，
由此，固始汗所建立的和硕特汗国成为了清朝小弟！
公元1644年，清顺治元年，清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频繁。
翌年，固始汗派其子多尔济达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，
表示对清政府的谕旨“无不奉命”。
他还以五世达赖喇嘛的名义，遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。
自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方实权首领，几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。
由此，固始汗与清朝的关系，更加紧密！
为了进一步加强同清朝中央政权的政治联系，
固始汗还上书清朝，说“达赖喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。”
同时，他又积极鼓动劝说五世达赖喇嘛接受清朝的邀请。
正在五世达赖喇嘛，动摇之时，
其出使大明朝的恩师四世班禅的书信到了，
看完恩师的书信后，加之心中对大明王朝还有感激之情，
五世达赖，立刻叫来他的亲信仲麦巴赤列嘉措，
两人商量一番后，只听赤列嘉措道，
“活佛，小人认为可以一试！”
闻言，五世达赖信心大涨，对一旁的亲信赤列嘉措道，
“如此，就由你作为我的全权代表，秘密前往大明京师，
和恩师一起负责与大明合作邀请明军入藏之事，
以重新夺回大权，对抗藏区的固始汗和第悉藏巴索南饶丹两人的残暴统治，还藏区人民以安宁！”
闻言，赤列嘉措，忙道，
“巴适，扎西德勒！”
“扎西德勒！”
……