血筋纺织厂的断线残片被夜风卷至一座废弃的生物实验室，与室内的培养皿、实验体骸骨融合，形成了“腐脑实验室”。这座弥漫着福尔马林与腐臭混合气味的建筑，每个试管里都漂浮着能侵蚀脑髓的“腐脑菌”，被菌液溅到的生物，大脑会像泡在强酸里的脑组织般迅速液化，躯体在剧痛中抽搐扭曲，最终沦为菌液的载体，头颅膨胀成半透明的囊体，里面盛满蠕动的菌丝，成为新的“腐脑傀儡”——它们蹒跚行走，头颅里的菌液随着动作晃荡，一旦破裂，腐脑菌便会如同烟雾般扩散，钻入周围生物的鼻腔，继续侵蚀新的宿主。
实验室外围的接待室已被腐脑菌占据，玻璃展柜里的标本被菌丝覆盖，变成模糊的肉团，接待员的骸骨倒在办公桌后，头颅已膨胀成篮球大小，天灵盖处裂开一道缝隙，里面的腐脑菌正顺着桌腿蔓延，影子在地面被菌丝分解成斑驳的黑点，与散落的病历、钢笔混在一起。墙上的值班表最后一行写着：“别碰标着‘b-7’的培养皿……它们在听声音……”一段藏在冷藏柜里的实验日志显示，最初的腐脑菌只是普通真菌样本，被断线残片污染后开始异变，最后一名研究员在被傀儡包围时，用手术刀剖开了自己的头颅，日志的纸页上沾着灰白色的脑浆，字迹在最后几行因意识模糊而变成混乱的涂鸦。
阿木与老陈戴着浸透狼骨萃取液的防毒面具踏入实验室，靴底踩在滑腻的菌液上发出“咕叽”的声响，腐脑菌在萃取液作用下变成黑色的胶状物质，脱落时带着刺鼻的腥气。“实验室中央的‘母菌培养罐’是源头，罐里的‘腐脑核心’控制着所有傀儡！”老陈挥舞着缠满铁丝的撬棍，击碎一只滚落在地的培养皿，里面的腐脑菌在接触空气的瞬间化作黑烟，被撬棍上的狼骨碎片灼烧成灰烬。一名随行的法医弯腰去捡地上的实验记录，指尖刚触碰到纸张上的菌痕，整只手突然被菌丝缠绕，他的瞳孔在几秒内变得浑浊，嘴角流出灰白色的液体，头颅以肉眼可见的速度膨胀，阿木眼疾手快，挥刀斩断了他的手臂，断口处喷出的不是血液，而是混着菌丝的脑浆，落在地上立刻滋生出大片白色的菌丝。
深入实验室腹地，腐脑菌的浓度让空气变得粘稠，每一次呼吸都带着甜腻的腐朽味，培养箱运作的“嗡嗡”声与傀儡头颅里菌液晃动的“咕嘟”声交织，形成如同手术室的诡异声响。“腐脑守卫”从实验舱里爬出，它们是被腐脑菌深度感染的实验体，躯体覆盖着半透明的菌膜，胸腔里可见跳动的菌丝团，口中能喷射高压菌液，被击中的生物，皮肤会迅速溃烂，菌丝顺着血管直侵大脑。一群守卫堵住了通往培养罐的通道，阿木将捆着狼骨粉末的燃烧弹扔向守卫群，火焰在菌液中燃起蓝绿色的光，守卫们发出骨骼摩擦般的嘶吼，躯体在火焰中崩解为带着火星的菌丝，头颅里的腐脑核心爆成一团团白雾。
母菌培养罐矗立在实验室中央，这台高四米的圆柱形装置表面布满观察窗，罐内漂浮着一颗篮球大小的腐脑核心，核心周围缠绕着数不尽的神经状菌丝，连接着周围数十个浸泡在菌液中的头颅，每个头颅的眼睛都在浑浊地转动，仿佛仍保留着生前的意识。守护培养罐的“腐脑主任”是由核心能量与实验室负责人的骸骨融合而成的怪物，上半身是披着白大褂的人形，头颅膨胀成透明的囊体，下半身是由无数菌丝组成的根须，能在地面快速移动，手中的“注射针管”能喷射浓缩菌液，被射中者会在三十秒内彻底沦为傀儡。
老陈将狼骨萃取液倒入实验室的通风管道，金色液体顺着管道扩散，培养箱里的腐脑菌纷纷死亡，腐脑傀儡的头颅开始萎缩，菌液在萃取液的作用下凝固成硬块。阿木趁机爬上培养罐的支架，将炸药包塞进罐身的检修口，主任的注射针管射向他的咽喉，他侧身翻滚躲开，针管刺入金属支架，菌丝瞬间从针尖蔓延，将支架腐蚀出蜂窝状的孔洞，阿木忍着菌丝溅到手臂的灼痛引爆炸药，剧烈的爆炸让整个实验室剧烈震颤，培养罐的玻璃壁被炸碎，腐脑核心在光芒中爆裂，喷出的菌丝团在空中就被狼骨能量灼烧成灰烬。
主任在爆炸中疯狂挥舞根须，将周围的实验设备砸得粉碎，阿木捡起地上的一根断裂的金属管，狠狠刺入它膨胀的头颅，灰白色的菌液喷涌而出，在空中化作无数细小的孢子，却在接触到狼骨萃取液的瞬间失去活性。当最后一只腐脑傀儡的头颅在火焰中爆裂，培养罐的残骸在浓烟中冷却，阿木看着自己手臂上逐渐结痂的溃烂，以及地上残留的菌膜碎片，知道这场战斗崩解了腐脑实验室的威胁。
但他在一块破碎的培养皿下发现一粒未被烧毁的腐脑孢子，孢子在菌液中微微颤动，周围的脑浆残渣正缓慢向它聚集——或许在某个停电的午夜，当新的脑组织落入这座实验室，母菌培养罐的指示灯会在黑暗中重新亮起，继续着大脑与意识的残酷侵蚀。