太子朱标的病情稳定好转，已能下床缓行，虽仍需静养，但性命之忧已然解除。笼罩在紫禁城上空的阴云散去，朱元璋龙心大悦，对李景隆的信任与倚重达到了一个前所未有的高度。那道允许李景隆组建“疫病探究所”、并调拨太医学习的旨意，以最快的速度通传六部，正式生效。
格物院内，一座独立的院落被迅速改建为“大明格物院医学馆”。李景隆亲任馆主，那十名被选中的年轻太医，怀着复杂的心情前来报到。他们中有的充满好奇与渴望，如海绵般准备吸收新知；有的则带着太医院固有的骄傲与疑虑，对李景隆那套“邪微”理论将信将疑。
李景隆并不急于灌输高深理论。他上的第一堂课，极其朴素，却又石破天惊。他让每位太医轮流使用显微镜，观察清水、唾液、痰液、甚至伤口脓液的标准样本。当那些平日里肉眼不可见的微生物世界，活生生地展现在他们眼前时，带来的震撼是无与伦比的。惊呼声、质疑声、恍然大悟的叹息声，在课堂内此起彼伏。
“诸位所见，便是这大千世界之精微。”李景隆的声音平静而有力，“水中有虫，乃水腐之因；唾中有菌，可致齿龋口糜；脓中邪微肆虐，便是疮痈不愈之根源。太子殿下所患肺痈，亦是此类邪微作祟。”
他并未全盘否定中医的“风寒暑湿”、“气血阴阳”理论，而是巧妙地将微生物概念与之融合，提出“外邪”部分可具象为“邪微”，治疗上除扶正固本外，亦需“抑杀邪微”的新思路。他亲自示范如何用沸水、烈酒（高度蒸馏酒）进行器械和手的简易消毒，讲解洁净与疾病传播的关系。
起初，那些出身正统的太医学徒对此颇不以为然，认为这是舍本逐末，甚至有些“粗鄙”。但李景隆不以为意，他拿出确凿的数据：东宫采用新法护理后，太子病情好转速度远超预期，且侍疾的宫人无一感染。相反，此前太医院按旧法诊治时，曾有数名靠近病榻的太医和宫人不幸染病。事实胜于雄辩。
渐渐地，一些思维活跃的年轻太医开始接受并钻研起来。李景隆又适时推出了经过改良的、更精确的人体解剖图谱（基于前世记忆和动物解剖验证），讲解了血液循环（模糊提及“气血周流”与心、脉的关系）、基本生理功能，让“气血”“经脉”有了更实在的依托。他还开始组织学员，系统记录各种常见病症的症状、显微镜下所见（痰、尿、血涂片）、所用方剂及疗效，试图建立原始的“病历档案库”，进行数据分析。
【叮！宿主成功建立系统性医学教育与研究机构，引入微生物学、消毒学概念，推动医学科学化进程，奖励积分8000点！解锁“中级外科清创与缝合术”知识灌输。】
系统的奖励如期而至，更多实用的知识涌入脑海。李景隆知道，光有理论不够，必须尽快展现出“格物医道”实实在在的威力，才能让这些种子真正生根发芽。
机会很快来了。京郊皇庄爆发小规模“赤痢”（疑似细菌性痢疾），数十户农户上吐下泻，已有体弱老者病故。当地郎中按伤寒论治，效果不彰。消息传来，李景隆立刻主动向朱元璋请缨，要求带领医学馆学员前往处置，作为“实践考较”。
朱元璋正想看看这新医道的成效，当即准奏，并派了一队亲军随行护卫。
李景隆带队抵达疫区，首先做的并非开方抓药，而是下令：隔离病患，焚烧患者污物，用生石灰水遍洒污染区域，强制所有人员饮用煮沸过的水，并分发简单的口罩（多层棉布制成）。这些措施在村民看来古怪而严苛，引发了不小的抵触。
“李大人，这……这有用吗？不如赶紧开药救人啊！”当地里正焦急道。
“防病重于治病。”李景隆语气坚决，“若不切断邪微传播之径，纵有灵丹，亦救不了不断新增的病患！”
他让学员采集患者新鲜粪便样本（经过简易处理），在临时搭建的帐篷实验室中用显微镜观察。当学员们清晰地看到样本中大量活动的弧菌（以当前显微镜精度，能看到大致形态）时，无不骇然！他们第一次如此直观地“看”到了病因！
李景隆根据症状和镜下所见，判断这很可能是一种经水源和食物污染的“肠道邪微”致病。他结合中医对痢疾的辨证（多为湿热疫毒），开出以黄连、黄芩等清热燥湿解毒为主的方剂，但特别强调了剂量和煎服法（要求浓煎，少量频服），并给重症患者尝试性用了极小剂量的“清痈散”（赌其广谱抗菌作用）。
同时，他严格推行消毒隔离措施。效果是显着的。数日后，新增病患迅速减少，原有病患病情也得到控制，陆续康复。整个皇庄，没有出现预期中的大范围蔓延。
消息传回京城，朱元璋闻奏大喜，下旨褒奖医学馆上下，并将此次防疫过程抄送太医院“观摩”。太医院内，保守派太医们面对铁一般的事实，哑口无言，而中立的太医则开始真正反思。李景隆的“格物医道”，凭借这次成功的实战，初步树立了威信。
然而，树大招风。李景隆医术通神、能“见微知着”的消息，连同他救治太子、平定皇庄疫病的事迹，在民间被传得神乎其神，甚至有了“李神医”、“青衣宰相”（因他常穿青色官服）的称号。这巨大的声望，在为他赢得民心的同时，也引来了更深的忌惮。
这一日，退朝后，朱元璋独留李景隆于御书房。
“九江，你近日所为，朕心甚慰。”朱元璋语气平和，目光却深邃，“这医道维新，利国利民。只是……木秀于林，风必摧之。你如今圣眷已极，又掌格物、市舶、海军乃至新立医馆，权柄日重，恐非善事。”
李景隆心中凛然，知道关键时刻来了，立刻躬身道：“陛下明鉴！臣所有作为，皆赖陛下信重。臣一心只为大明，从无非分之想。若陛下觉得臣权柄过重，臣愿辞去部分职司，专心医学或格物一途。”
朱元璋凝视他片刻，忽然笑了笑，笑容却让人捉摸不透：“朕非鸟尽弓藏之主。你之才，于国大有用处。只是，你当知进退，明得失。医学馆之事，朕许你放手去做。但朝中事务，尤其是兵权、财权，需知收敛，多与部堂商议，不可专断。”
“臣，谨记陛下教诲！必当恪尽职守，谦冲自牧，绝不敢有负圣恩！”李景隆恭敬应答，背后已渗出冷汗。朱元璋这是在提醒他，也是在警告他。恩宠的顶点，往往也是危险的边缘。
他明白，医学馆的初步成功，只是万里长征第一步。前方的路，不仅有医术上的攻坚，更有权力场上的暗礁险滩。他必须更加谨慎地平衡发展与自保，在推动时代车轮的同时，确保自己不会先被这车轮碾碎。