超级裂空座、盖欧卡、固拉多——三位主宰级神明的能量场在天空之柱上空轰然对撞的刹那，其引发的连锁反应并非局限于那片遗迹，而是如巨石入水，激起的涟漪瞬间改写了整个丰缘地区的自然法则。
并非局部气候异常。
整个丰缘地区的天穹被强行割裂：西海岸至烟囱山一线，堆积起翻滚着青白雷光的狂暴雨云，暴雨如天河倒灌。
而东海岸至送神山一带，却是诡异到极致的、万里无云的晴空，阳光毒辣刺眼，没有一丝风。
两者在丰缘大陆中部上空，形成了一条清晰、笔直、不断扭曲挤压的恐怖边界线。阳光与暴雨在同一片大地上疯狂交替，上一秒被烈日炙烤，下一秒就被冰冷的暴雨浇透。
水静市美丽的海岸线沦为地狱。
海水违反了一切物理规律，时而以骇人的速度倒退数公里，裸露出布满惊慌失措的水生宝可梦的海床；时而又化作数十米高的黑色海啸之墙，以毁灭之势反扑回来。城市警报早已嘶哑，人们疯狂逃向高处。
与此同时，远离海岸的内陆，大地发出痛苦的呻吟。
频繁的浅层地震毫无规律地爆发，没有震源，仿佛整片大陆都在痉挛。111号道路的沙漠上，新的裂谷凭空出现，深不见底，从中喷吐出滚烫的热风与硫磺气息。
野生宝可梦的集体本能压倒了所有习性。
橙华森林中，无数虫系、草系、一般系的宝可梦汇成惊慌的洪流，不分种族天敌，一同朝着他们认为安全的东方高地亡命奔逃，撞断树木，踏平灌木。
凯那市港口，更为骇人的一幕上演：
成千上万的水系宝可梦——巨牙鲨、铁螯龙虾、巨翅飞鱼——如同逃避灭顶之灾，疯狂地跃上岸边，在街道上挣扎扭动，眼中只有最原始的恐惧，对任何试图靠近或帮助的人类都充满攻击性。
以紫堇市为代表的现代化都市率先陷入混乱。
所有电子设备受到强烈不明能量干扰：
公共屏幕闪烁着扭曲的、如同古代符文的乱码；通讯信号时断时续，夹杂着难以辨别的低语与轰鸣；电力系统波动，灯光忽明忽暗。交通瘫痪，信息隔绝，依赖科技运转的城市社会在几分钟内便滑向半瘫痪的边缘。
恐慌以比任何信号更快的速度在人群中蔓延。
街头巷尾，古老的、曾被视作迷信的“海洋与大地之创造神”的末日预言被重新提起，并飞速传播。卡那兹市的图书馆里，有人翻出了记载“蓝与红之珠”传说的破旧古籍；
釜炎镇温泉旅馆中，老人们对着异常的火山灰喃喃祈祷。
抢购物资、驾车逃亡、跪地祈祷、绝望呆滞……各式各样的崩溃反应在每一个城镇上演。丰缘联盟的官方通告迟滞且无力，任何“极端天气现象”的解释在天地变色的景象面前都苍白如纸。
即便是强大的训练家们也感到了前所未有的无力。
他们的伙伴宝可梦变得极度焦躁，许多甚至拒绝回到精灵球，只是不安地望向天空、海洋或火山的方向，发出低沉的悲鸣。
分散在各地的八位道馆馆主——如茵郁市的娜琪、琉璃市的亚当——最先敏锐地感知到自然能量的彻底暴走，他们不约而同地尝试集结力量，向异常的中心调查，但每一步都举步维艰，仿佛整个自然都在与他们为敌。
未白镇，一位刚刚领取初始宝可梦（木守宫）不久的新人训练家小拓。
下午3:15。
小拓只是觉得天气有点怪。
“怎么一边下雨一边出这么大太阳？”
他嘟囔着，试图用图鉴查询天气，屏幕却闪烁了几下，导航地图变成了一片扭曲的彩色线条。
下午3:40。
不安加剧。
他想将正在草地上训练“拍击”的木守宫收回球中休息。
“回来吧，木守宫！”
精灵球的红光射出，但木守宫没有像往常一样化作红光，反而猛地转身，背对着他，死死盯住西南方天空，那里是海洋的方向，脖颈后的叶子剧烈颤抖，发出充满恐惧的“恰莫……恰莫！”低吼，拒绝回归。
下午4:10。
恐慌降临。
小拓决定立刻前往最近的古辰镇。
路上，他看到了终生难忘的景象：天空落下的雨滴，在接触地面植被的瞬间，竟然冒出细微的白烟，仿佛带着腐蚀性或是滚烫的温度！
与此同时，道路两旁的草丛中，钻出大量眼神惊恐的蛇纹熊、土狼犬，它们完全不理会人类，汇成一股慌不择路的逃难洪流，冲向东方。
傍晚5:55。
古辰镇的临时避难所（社区中心）挤满了惊魂未定的人。
小拓紧紧抱着依旧不安的木守宫，缩在角落。一位牙齿都快掉光的老婆婆，在忽明忽暗的灯光下，用颤抖、沙哑的嗓音，断断续续地哼起了一首古老到几乎失传的歌谣：
“……蓝之珠，深海眼，呼唤巨鲸翻浪来……
红之珠，地心火，熔岩巨兽踏山开……
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！
天之神，怒目视，平衡破碎末日临……
三柱倾，万物泣，唯待勇者…寻钥…启……”
歌谣的内容像冰锥一样刺入小拓的心中。这不再是天气异常，不是机器故障。这是……神罚。
他搂着木守宫的手臂微微发抖，一种远比面对强大野生宝可梦更深的、对无法理解也无法对抗的天地伟力的深层次绝望，淹没了这个刚踏上旅程的年轻心灵。
就在小拓陷入绝望的同时，丰缘联盟总部，石英高原的紧急指令穿越严重干扰的通讯频道，艰难下达：
“致丰缘地区四天王、八大官方道馆馆主：确认发生超大规模、传说级宝可梦引发的自然灾变，源头指向天空之柱区域。
现命令所有收到指令者，立即中止一切活动，以最快速度向事发中心集结，评估事态，尝试建立防线，保护民众，并……寻找任何可能的解决之道。重复，此为国家一级紧急状态！”
指令发出的第一时间，联盟试图联系冠军大吾。
画面一转。
某个偏远的、盛产进化石的洞窟深处。
“阿——嚏！”
满身灰尘、正专注地用精密镐子敲打岩壁的大吾猛地打了个喷嚏，揉了揉鼻子。
“奇怪，谁在念叨我？”
他看了看身边毫无信号的通讯器，将它随意放在一边，目光再次被岩壁中露出一角的、品质极高的日之石原矿吸引。
“唔，这个成色真不错，带回去给得文研发部看看……” 冠军完全沉浸在他的石头世界里，对窗外世界的剧变一无所知。
联盟中心。
通讯官焦急地报告：“无法联系到大吾冠军！信号完全中断！”
“尝试联系米可利！”指挥官当机立断。
画面再转。
神奥地区，某座华丽大赛会场后台。
刚刚结束一场完美表演、正在接受采访的米可利，其经纪人神色慌张地冲过来，递上加密通讯器。
米可利优雅的笑容在听到消息的瞬间凝固。他几乎没有犹豫，对着镜头和在场所有观众，做出了一个前所未有的决定：
“诸位，非常抱歉。一场关乎我的家乡丰缘存亡的紧急事件正在发生。此刻，华丽与协调必须让位于责任与守护。”
他深深鞠躬，再抬起头时，眼中只剩下决然，“我必须立刻回去。”
说罢，他不再理会现场的哗然，转身快步离开，一边走一边扯下华丽的装饰，对经纪人快速下令：“安排最快的飞行器，不，联系附近有大型飞行系宝可梦的训练家，我必须立刻回到丰缘！”
联盟的巨头们开始被迫行动，但面对已然全面爆发的、三位远古神明之间的战争，他们的力量，犹如暴风雨中的几叶扁舟。
当普通训练家小拓在避难所中因古老歌谣而战栗，当冠军大吾还在洞窟里挖掘石头，当米可利拼命赶回故乡之时——
天空之柱的废墟之上，超级裂空座的金色绸带猎猎狂舞，盖欧卡驾驭的海洋山脉已逼近至可视距离，固拉多引发的熔岩光芒映红了西边的地平线。
三方积蓄到顶点的神威，即将轰然对撞。
丰缘大陆的命运，乃至整个世界的平衡，都系于这即将到来的、超越人类理解范畴的——终极神战！