神秘人感受到强大的攻击临近，迅速抬头，只见孙悟空一棒带着雷霆万钧之势狠狠砸下。神秘人连忙撑起一层更加强大的黑暗护盾，“轰”的一声巨响，护盾虽未破碎，但却出现了一道道裂痕。
孙悟空一击未竟全功，却也不恼，一个筋斗翻到佐助和超级奥特曼身旁，咧嘴笑道：“俺老孙来助你们一臂之力！”佐助眼中闪过惊喜，“有劳大圣了！”超级奥特曼也精神一振，身上光芒更盛。
三人重新摆开阵势，孙悟空挥舞着金箍棒，带起阵阵狂风；佐助的须佐能乎再次凝聚力量，释放出凌厉的查克拉刃；超级奥特曼则双手交叉，汇聚全身能量，发出一道耀眼的光线。
神秘人面对三人的联合攻击，虽依旧顽强抵抗，但渐渐有些招架不住。他的黑暗护盾不断破碎又重组，身上也出现了多处伤痕。最终，在三人的合力攻击下，神秘人发出一声惨叫，化作一团黑烟消散了。忍界再次恢复了和平，众人相视而笑，并肩守护着这来之不易的安宁。然而，就在众人以为一切结束之时，那团黑烟突然又重新凝聚起来，神秘人竟以一种更恐怖的姿态现身。他的身上散发着比之前更浓烈的黑暗气息，双眼通红，脸上带着扭曲的笑。“你们以为这样就能打败我？太天真了！”神秘人怒吼着，双手一挥，无数道黑色闪电朝三人射去。
孙悟空连忙挥舞金箍棒，将闪电一一挡下；佐助开启了完全体须佐能乎，形成一个巨大的保护罩；超级奥特曼则释放出一层能量护盾。但神秘人的攻击越来越猛烈，三人渐渐有些力不从心。就在这危急时刻，天空中突然降下一道神圣光芒，一位神秘的老者出现了。他双手结印，口中念念有词，一道强大的净化之力朝神秘人涌去。神秘人在净化之力的侵蚀下，痛苦地嚎叫着，身体逐渐消散，这一次，他再也无法重生。老者微笑着看了看三人，随后化作光芒消失了。忍界真正迎来了和平。本以为和平能长久延续，可平静的日子没过多久，一股更为诡异的波动在忍界深处蔓延开来。一个神秘的黑影悄然现身，他的气息竟与之前被消灭的神秘人有着千丝万缕的联系。黑影冷冷开口：“你们以为消灭了他就万事大吉？不过是我计划的第一步罢了。”说罢，他双手结印，召唤出一群奇形怪状的黑暗怪物。这些怪物张牙舞爪地朝众人扑来，孙悟空、佐助和超级奥特曼立刻警觉起来，再次摆开战斗的架势。孙悟空大喊一声，金箍棒瞬间变大，狠狠砸向怪物群；佐助开启万花筒写轮眼，施展出强力的忍术；超级奥特曼也释放出各种光线技能。战斗异常激烈，怪物们源源不断地涌来，三人虽英勇奋战，但渐渐感到有些吃力。就在这时，之前出现过的神秘老者的声音在他们耳边响起：“这是神秘人背后势力的阴谋，你们需凝聚更强的力量才能战胜。”三人闻言，相互对视一眼，决心携手找出破敌之法，守护这岌岌可危的忍界和平。