佐助敏锐地察觉到查克拉未恢复背后定有隐情。他决定联合超级奥特曼展开深入调查。他们穿梭于各个星球，探寻查克拉异常的根源。在调查过程中，他们意外发现有一股神秘的力量在暗中操控，这股力量似乎与之前被击败的影风有着千丝万缕的联系。原来，影风在被击败前设下了邪恶的诅咒，即便他本体被消灭，诅咒依然会持续影响各个星球的查克拉。为了解除诅咒，佐助和超级奥特曼必须找到隐藏在宇宙深处的诅咒之源。他们历经艰难险阻，穿越了危险的虫洞，终于找到了源头所在。在那里，两人齐心协力，凭借着超级奥特曼的强大能量和佐助精妙的忍术，成功破除了诅咒。刹那间，各星球的查克拉开始有序流动，重新焕发出勃勃生机。就在两人以为一切尘埃落定之时，一股更为强大且诡异的查克拉波动突然袭来。一个神秘身影从黑暗中缓缓走出，竟是影风的灵魂分身。原来，影风早有后手，他将自己的一部分灵魂封印在诅咒之源，妄图在诅咒被解除后卷土重来。
影风的灵魂分身冷笑一声：“你们以为这样就能彻底消灭我吗？太天真了！”说罢，便向佐助和超级奥特曼发起了猛烈攻击。
就在局势危急之时，各星球恢复的查克拉竟汇聚起来，形成一股强大的力量注入到佐助和超级奥特曼体内。他们实力大增，再次联手向影风的灵魂分身发起反击。经过一番激烈战斗，终于将影风的灵魂分身彻底消灭，宇宙再次恢复了和平。本以为这场危机彻底过去，可一股若有若无的邪恶气息却仍未消散。佐助和超级奥特曼不敢放松警惕，决定继续在宇宙中探查。突然，一道时空裂缝出现，从中涌出大量奇异的黑色查克拉，一个更庞大、更恐怖的影风幻影浮现。原来，这灵魂分身只是个引子，真正的后手是影风借助多元宇宙的力量重塑的幻影，他要让整个多元宇宙都陷入黑暗。
佐助和超级奥特曼深知此次敌人的强大，他们彼此对视一眼，眼神中满是坚定。佐助开启轮回眼，施展出须佐能乎，超级奥特曼则融合了各星球的查克拉之力，进化成究极形态。两人再次并肩作战，与影风幻影展开了一场惊天地泣鬼神的大战。在激烈的碰撞中，他们爆发出前所未有的力量，最终一举击溃了影风幻影，多元宇宙的邪恶阴霾彻底消散，和平再次降临。正当佐助和超级奥特曼以为影风已被彻底消灭，准备放松之时，影风那被击溃的幻影竟化作无数黑色粒子，重新汇聚融合。一个更为恐怖、扭曲的影风真身从粒子中缓缓浮现，他仰天狂笑：“你们以为打败幻影就能赢？太幼稚了！这才是我真正的形态！”
影风真身抬手一挥，恐怖的能量风暴席卷