然而，就在众人以为危机解除之时，封印突然闪烁起不稳定的光芒。超级奥特曼脸色一变，惊叫道：“不好，这封印虽强大，但这存在太过恐怖，它正在试图冲破封印！”众人的心瞬间又提了起来。此时，忍者们纷纷施展忍术，为封印注入查克拉，奥特曼们也释放出能量，稳固着封印。就在封印摇摇欲坠之际，超级奥特曼突然想到一个办法。他利用自己跨越多元宇宙的能力，打开了一个通往神秘空间的通道，准备将这强大存在转移到那里。众人再次合力，将封印连同那存在缓缓推向通道。在最后一刻，封印彻底破碎，但那存在也被成功送进了神秘空间，通道随之关闭。世界终于恢复了平静，奥特曼们和忍者们相互道别，各自回到了自己的宇宙，而这次的经历，也成为了他们心中一段难忘的回忆。可平静并未持续太久。在一个看似平常的日子里，超级奥特曼突然感受到一股熟悉却又更加恐怖的波动。他震惊地发现，那被送往神秘空间的存在，竟不知用何种方法又突破了神秘空间的限制，重新回到了这个宇宙。警报瞬间拉响，奥特曼们和忍者们再次集结。这一次，那存在的力量似乎变得更加强大，它所过之处，空间扭曲，万物凋零。超级奥特曼意识到，上次的封印和转移之法已不再奏效。他召集众人商议，决定联合所有奥特曼的光线技能与忍者们最强大的忍术，创造出一种全新的、更强的封印术。经过一番紧张的筹备，决战来临。奥特曼们和忍者们齐心协力，释放出前所未有的强大力量，将那存在重新压制。最终，他们成功地用新的封印术将其彻底困住，世界再次恢复了平静，而这一次，众人都祈祷着，不会再有下一次危机。但命运似乎总爱捉弄人。几个月后，一股若有若无却透着邪异的气息在宇宙中悄然蔓延。超级奥特曼敏锐察觉后，心中涌起不祥预感。当他们循着气息追踪，竟发现神秘存在的部分力量不知何时已渗透出来，在宇宙的一处荒芜星球上，凝聚成了多个小型的邪恶分身。这些分身虽力量不及本体，却也能轻易破坏星球的生态平衡。奥特曼们和忍者们再度被迫迎战。战斗异常激烈，奥特曼们用光线技能攻击，忍者们施展忍术辅助。然而，这些分身十分狡猾，不断瞬移躲避攻击。就在大家有些疲于应付时，超级奥特曼发现了分身的破绽——它们之间存在着微弱的能量联系。于是，他指挥众人集中力量攻击能量联系点。经过一番苦战，终于斩断联系，将分身全部消灭。但众人明白，本体还在暗处，真正的危机或许才刚刚开始。
这些分身的本体，全部一个个的都潜入到了各个星球的核心深处，贪婪滴吸收着星球的本源之力，导致。