8月1日，星期五，午前。
毛利、兰、园子、美黛子、山崎在毛利侦探事务所集合，然后去了东京站。毛利昨天得知兰要去朝雾高原，决定给自己放假。
毛利五人在东京站坐东海道新干线到静冈县富士市新富士站，然后毛利租了辆车，载着山崎四人去了富士宫市田贯湖，园子订的湖畔庄园。
途中，毛利五人看到了在水边嬉戏的柯南等人，停车问了一下，他们住在附近的两座别墅里。
园子租的湖畔庄园。
毛利、兰、园子三人在放下行装之后，毛利开车带山崎四人到处逛了逛，花鸟园、牧场、阵马瀑布等，然后去新富士站把山崎和美黛子送上了新干线，而毛利三人就留在了富士市内逛了起来，顺便解决了晚餐。……
另一边，海部肇租的别墅甲中。
柯南十人手套布偶，在光彦的带领下，在海部肇的指导下，在光彦领队的不断挑刺中排练话剧。
经过一天的相处，柯南也搞明白海部肇为什么要找他们了，是因为少年侦探团上次演的话剧一休和尚，海部肇也去看了。因为它的导演兼编剧署名是光彦，所以现在就由光彦领队了。
眼看天都黑了，光彦领队宣布下面进入晚餐时间，引起了一阵欢呼，不过他又宣布，晚餐后只有半个时休息时间，然后会继续，引起了一阵哀号。
晚餐后不久，光彦准备找海部肇请教话剧的事情，不过发现他不在了，同时还发现别墅里就剩下他们班的五个人了，自己、元太、柯南、步美和她的朋友惠，而且布偶也少了五个，然后把发现向其他人了出来。
元太有些害怕的道：“这、这和《然后所有人都消失了》完全一样。”
“这、这么，这次要演出的布偶剧现在变成真的了。”光彦害怕的道，“在原作里，当杀了一个人之后，布偶就会消失一个。”
惠惊恐的道：“杀、杀了一个之后。”
“你不要乱话。”柯南道，“他们只是回另一个别墅了。”接着道，“等一下，我去看看。”着去前门外看了一下，发现了一些脚印，一个大人和几个孩子的脚印，然后回去把发现了出来。
“可是这怎么可能，这样会跟我们一声的吧。”光彦道。
“对了，可以打电话问问。”步美看着别墅里的固定电话道，然后去拿起电话，结果发现没有任何声音。
“没有声音，不可能的，”光彦道，“我之前看海部哥哥有打过电话。”接着叫道，“我明白了，一定是那个闯空门的强盗，是他切断了电话线，然后把我们的同伴带走关起来了，这样一来他就好进行他的强盗计划了。”
“啊？”柯南挺起了三角眼，我们这种低级的度假别墅有什么好抢的，而且大晚上的，别墅里有人没人实在太好认了，废这么大的工夫来掳人进行强盗计划，而且还把布偶带走了？不过这电话确实是个问题。
元太问道：“光彦，你的是新闻里的那个强盗？”
光彦道：“就是那个，一定是这样没错的。”
元太兴奋的挥手道：“那好，就让我们少年侦探团出动，把这个强盗抓起来。”
步美笑道：“赞成，少年侦探团又要出动了。”
惠高兴的笑道：“太好了，这下可以看到你们是怎么解决事件的了。”
“唉！”柯南无奈的叹了口气。
“首先，我们把别墅搜索一遍，看看有什么可疑的东西。”元太道，“柯南，你和光彦去楼上，我们其他人在楼下。步美，你和惠两人一组，我一个人。出发！”
柯南和光彦去楼上搜索了一遍，发现一个海部肇的工具箱，里面有一张简易的地形图。
“我知道了，”光彦道，“海部他就是那个强盗，他带我们来是要利用我们帮他掩饰。”
“啊？”柯南挺起三角眼，租车带我们从东京过来住一天，租车费、住宿费、路费加上伙食费，特别是元太那家伙，够赚的吗？
光彦拿着工具箱下楼去报告自己的发现，却发现元太三人不见了，同时他们三人的布偶也不见了。
“一、一定是海部，他又把元太他们三人抓走了。”光彦咬牙道，“柯南，我们一定要把他们救回来。”接着发现没有人应声，这才想起柯南好像没跟自己下楼，又跑上楼去找柯南，结果发现柯南不在了，于是又胆颤心惊的跑下楼搜索，结果发现柯南的布偶也不见了。
“只、只剩下我一个人了。”光彦怕得眼泪出来了。
这时，别墅的灯熄了，把光彦吓得大声惊叫起来。
同时，一个人影出现在别墅门口，“现在只剩下你一个了，光彦。”
“海、海部！”光彦惊叫道，“怎么会、怎么会这样！”
“过来，跟我走吧，光彦。”海部肇推开门道。
“不要过来，不要过来。”光彦害怕的向后退去。
“你在怕什么，光彦？”海部肇进来问道。
“对，我在怕什么，我在怕什么。”光彦鼓足勇气向海部肇冲去一下子撞倒了他，正准备夺门而逃的时候，发现他身后站着一群人，元太他们九个孩子，顿时呆住了，让元太等人大笑了起来。
“不好意思，开个玩笑，光彦。”海部肇笑着站了起来。
“这、这到底是怎么回事？”光彦有不好的预感。
元太笑道：“就是让你这个导演切身体验一下什么叫做《然后所有人都消失了》。”
“什么！”虽然在意料之中，不过光彦仍然气得叫了起来。
“这是大家的意思，”海部肇笑道。
“大家？”光彦吃了一惊。
“我！”元太和儿童会的五个朋友举手笑道。
“虽然我是后来才从元太那知道的。”步美也举起了手。
“我也是。”惠笑道。
“很抱歉，我是在阳台上看到他们站在路灯下拿着布偶向我招手，并示意我偷偷出来的时候猜到的。”柯南道，“我从二楼爬下来，然后趁光彦你上二楼的时候去拿了我的布偶。”
这时，别墅的灯亮了。
“你们……”光彦失望的叫道，“连步美你也……太过分了！”着就哭着向外跑，不过被一位过来的维修人员拎了起来。
“放开我。”光彦挣扎道。
“大晚上的，你一个孩子还是不要乱跑的好。”维修人员把光彦交给海部肇。
“谢谢。”海部肇道，然后把光彦放在地上，正色对光彦道，“光彦，虽然不告诉你事情是不对，但是如果事先告诉你了，你还能有那种就‘然后剩下我一个人’的感觉了吗？你好好想想吧。”
“这个……”光彦没话了。
“其实，光彦，你刚才好勇敢的。”步美笑道。
“是啊，是啊。”惠道。
“是这样吗？”光彦不好意思的笑了起来。
“好了，我们先去另一个别墅吧，”海部笑道，“好让维修师傅开工。”
“维修？”柯南问道。
维修人员笑道：“由于这两天会有一场大风暴雨，所有的别墅都要进行大的检修维护，现在正好轮到你们这座别墅。”
光彦问道：“那刚才的停电？”
海部肇道：“电闸关了在检查线路。”
光彦问道：“那电话？”
海部肇道：“确实坏掉了。”
光彦问道：“那工具箱还有地图？”
“我带工具箱来是打算晚上做些布景，好让你们明天用。”海部肇笑道，“地图当然是怕迷路才画的。”接着笑着问道，“光彦，你不是怀疑我是那个闯空门的强盗吧？”
“没、没有啦。”光彦脸红的道。
“那个强盗在不久之前已经被抓住了，你们就不要担心了，放心的玩吧。”维修人员笑道。
“抓到了？”柯南问道。
“起来，他真是个倒霉的家伙。”维修人员笑道，“他撬门的时候，碰上了一个空手道少年，然后被打倒了，据是因为那个少年皮肤太黑，又穿着黑衣服，所以没有看到。”
黑皮肤空手道少年？难道是京极真？嗯？等一等，柯南在心里笑了起来，那个差一被盗的地方，不会是大叔他们租的别庄吧？……
另一边，正在富士市逛街的园子接到田贯湖别庄管理处的电话。
毛利三人知道有一位强盗想对他们住的地方盗窃但被京极真阻止连门都没撬开的事情，立刻赶了回去。
路上，园子用行动电话通知美黛子，不去接他们了，让他们自己坐出租车过来。
在田贯湖别庄管理处和京极真见面，向他道谢之后，园子把毛利和兰扔下，和准备等美黛子回来的京极真散步去了。……