在东京都里，也许那近代英格兰的寄宿灵称为付丧神会更加合适一些。
第二幕缓缓展开。
因为落下来的幕布砸伤了《汉拔尼》的主演，所有舞台临时换上了作为由花田由加扮演女主角——克里斯提娜。
结果，在排练场和当晚的演出中。
克里斯提娜美妙的歌喉征服了所有人，包括当晚到场观看演出的年轻的贵族拉乌尔，他也是歌剧院的资助人。
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此后故事逐渐攀升向着高潮前进。
神乐真纪扮演的‘魅影’用歌声引诱克里斯提娜来到他居住的地下湖心的屋内。
在这里，‘她’继续用MusicoftheNight引诱克里斯提娜的心智以及表达自己的爱意：
“看啊！这些墙瓦，这些树木，这些绿廊和画布上的景致，一切都蕴含着至高无上的爱情。因为在这里，它们是由远远超过凡人的伟大诗人所创造的。
这里跟我们的爱情很相称，因为这份爱也是在此被创造出来的。”
最后，克里斯提娜在看到魅影做的穿戴婚纱的自己的蜡像后，在魅影的美妙的歌声中晕厥过去。魅影让克里斯提娜躺在床上休息，自己则埋头进行新的歌剧的创作。
第二天，克里斯提娜慢慢醒来，先发现了身边的一个小八音盒（就是拉乌尔后来拍得的那个），渐渐又回忆起昨晚是如何跟随魅影下到这里的。
第三天，好奇心驱使她壮胆趁魅影不备而摘下了魅影的面具。
此刻，聚光灯打在舞台上，神乐真纪那冷漠而又优雅的面容展露在舞台灯光之上。
引发了台下观众的骚动：
“这个饰演魅影的‘男生’是谁？竹寻高中还有这么帅的男生？”
“我支持他们。”
“不能太支持。”
对于年轻人而言，外貌的仿佛是最大的加分项。
花田由加把本来应该是丑男的魅影想换成安道远，现在变成了更适合的神乐真纪，不仅不是对歌剧的侮辱，反而是更抓住了学生们喜欢的戏份。
神乐真纪伪声十分清冷：“克里斯提娜，我满足了你的好奇心，但也再不会让克里斯提娜你获得自由。”
之后‘她’转念又劝道：
“克里斯提娜你不要害怕，随着你对我的的了解，那恐惧终究会转成爱意。”
背景音乐Thinkofme恰到好处的响起。
灯光打落，而后点亮了一小片舞台。
神乐真纪扮演‘魅影’唱起了独白：
（想起我柔情的想起我
当我们已经说了再见偶尔想想我请答应我你会试着这样去做
当你发现再一次你渴望让自己振作、自由
如果你曾找到一瞬间想着我
我们从没说过我们的爱能永存或者像大海一样不曾改变）
杏子在台下，但仿佛比台上的演员还激动：“换我来，我绝对立刻同意，让演出部副社长演的男主滚蛋。”
“真纪真是太有魅力了。”
就连藤井理惠也是现在才发现，原来自己的这位同班同学竟然还有这样吸引人的一面。
安道远默默无言，他觉得自己上去，或许也不能使这一出歌剧变得更加有欧西。
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最后，一切到了画上记号的时候。
演出社副社长扮演的男主角拉乌尔已经赶到地下室，但是被阻隔在铁栏之外。
“克里斯提娜！”
他哀求魅影可以对他做任何事，但是一定放过克里斯提娜。
魅影被他的打搅激怒，趁他不防，用旁遮普套索套住了拉乌尔，并且逼迫克里斯提娜做出选择：
“克里斯提娜，你要么选择拉乌尔的生命，借此换取自己的自由，要么就披上我准备的婚纱，换取拉乌尔的存活。”
尽管拉乌尔表示自己可以为爱牺牲生命而在所不惜，但是克里斯提娜不忍爱人的牺牲。
她最终鼓起勇气，告诉魅影：“你会爱的力量，会有多么强大，上帝终究会拯救你的灵魂，你的天使不应该是我。”
然后，她给了魅影一个长吻……
一个意味深长的吻，如同天上的造物主的光辉，照亮了魅影的封闭的心灵。
神乐真纪扮演的魅影被克里斯提娜的坚定的爱的力量彻底折服。
他松开了拉乌尔脖子上的旁遮普吊索，对克里斯提娜和拉乌尔挥了挥手：
“你们赶快离开，并且不要再回来，也不要跟旁人提起这里的一切。”
大幕真正落下。
灯光落下
所有的观众都屏住了呼吸。
最后的歌声回荡在竹寻高中的观礼礼堂中：
（深夜里，每一种感觉都在渐渐复苏
黑暗唤醒并刺激着幻觉
无声中，所有感官放下了防备
无法抗拒我笔下乐符的诱惑
因为我谱写了夜之歌
慢慢地，轻轻地，夜展现出了它的华丽
捕捉它，感觉它，细微却令人震撼
听到的乐曲如此真实，但那音乐却似真似幻
烈如闪电，柔若烛光
无法至信的夜之歌
闭上你的双眼，因为你的眼睛只会告诉你事实
或许事实却不是你所想要看见的
也许那才是我寻找的梦）
大幕升起，舞台上已经不剩一人，随后一位一位演出社的参演人员，无论是拍卖师，还是合唱团的配角女演员，都一一出来谢幕。
当最后，花田由加也走出来。
观众们还在期待着仿佛是这次真正的主演，那位——歌剧的魅影。
但‘他’仿佛消失了一般，真正的消失了，直到谢幕结束，魅影的扮演者也没有出场，这一点给所有来观影的学生们留下了一丝悬念。
就好像这一切随着那歌声的渐渐消失，也变得如同泡影般消散了。
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观众并不知晓的后台中，花田由加抱住神乐真纪：“真纪，真纪，为什么你不来谢幕，大家都等你呢。”
神乐真纪此时已经换上了女装，她耸了耸肩：“我本来就不是演出社的人，而且这种结尾，我觉得才应该是属于这部歌剧最好的落幕。”
花田由加已经完全成神乐真纪的迷妹了：“真纪，你来我们社团，我把社长让给你，我相信绝对不会有人有异议的，求求了。”
神乐真纪收拾好了所有的衣服，然后走向了后台离场的门，十分洒脱摆了摆手：
“小克里斯提娜，我也该出发了，远方还有人在等着我呢。”
花田由加没有阻拦，她和一帮表演部的女生窃窃私语的讨论起来：“真纪虽然比我小一届，但以后她就是我的偶像，姐姐大人了，你们别跟我抢。”
“你做梦，神乐真纪我永远单推。”
表演部的女孩子们已经快因为这件事情打起来了。
而此时竹寻高中的轮胎上，这场歌剧的热度也被炒到了最高，很多只看了一半，或者干脆没来的人肠子都快悔青了。
而‘魅影’的扮演者，就成为了更大的谜题，在竹寻高中的神秘传闻中，都可以跟‘午夜莫扎特的乐曲声’相提并论了。
当然，真纪不知道还发生了这些事情。
她悄无声息的加了个凳子，然后坐在了安道远的旁边，比了个嘘声的手势：“嘘，可不要声张哦。”
“真是一场能让人记忆深刻的演出，‘魅影’小姐。”
安道远用很小的声音说道。
神乐真纪得到了赞美，脸上多了一丝明媚：
“其实如果刚才上台的是‘浮士德’先生，也许我会更加满意。”