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司马芝，字子华，生卒年不详，河内温人，三国时期曹魏大臣，魏大司农，是司马懿的同宗。
少年时是书生，到荆州去躲避战乱，在鲁阳山里遇到贼寇，同行的人们都丢下老人和弱小逃走了，只有司马芝一个人坐在那里守护老母亲，贼寇来到后，用刀逼着司马芝，司马芝叩头说道：“母亲老了，杀了我之后放过我的母亲吧。”贼寇们说：“这是个孝子啊！杀他是不义的。”司马芝因此免于被杀，推着小车把他母亲拉走了。司马芝在南方住了十几年，亲自耕种，恪守礼仪节操，司马芝与杜畿、杜袭、裴潜、王粲、赵俨等避乱荆州，也形成了一个特殊的政治集团，裴潜与王粲、司马芝关系最好，赵俨与杜袭“合为一家”，这些人在荆州后来几乎都被荀彧推荐给曹操，并且对发展巩固曹魏政权发挥了重要作用。他们这些人建立的士族集团，与曹操主要控制的豪强军事集团，是曹魏政权的两大支柱。士族集团主要从事行政、经济工作，与曹操躲在汉献帝的汉室背后扩充自己的势力相似，士族集团也是在曹操背后逐步扩充了自己的势力。
司马芝在曹魏政权也是良臣，《晋书》载：魏明帝采纳司马芝提议恢复铜钱流通，稳定国家经济秩序，他执法不惮豪强，又宽厚爱人，他的妻伯父董昭地位显赫，却也敬畏他。司马氏在三国早期的所作所为，使他们在百姓中建立了良好的形象，也逐渐成为士族阶级的核心领导。
司马芝死后，他的儿子司马岐继承了他的爵位，司马岐由河南丞改任廷尉正，再改任陈留相。梁郡有些关在狱里的囚徒，审案时的供辞牵涉到很多人，好几年都不能结案，朝廷下诏书指示把牢狱里关的这些囚犯，迁到司马岐所属的县里来，让司马岐审理并了结此案。当时县里的官吏请求预先置备一些狱中应用的刑具，司马岐说：“如今有几十名囚犯，他们的供辞虚伪狡诈，相互不符合，而且他们也对毒刑拷打感到厌倦了，这个案情很容易弄清，难道还要再把他们长久地关在牢狱中吗？”囚犯被押到后，在审问时，谁也不敢隐瞒和说假话。
司马岐只用一天功夫就把案子处理完了，因此，被越级升为廷尉，当时大将军曹爽专权，尚书何晏、邓飏等人给他做羽翼，辅佐他。南阳人圭泰曾用言语触犯他们，因此被绑起来拷打，送交廷尉官署。邓飏亲自审讯，准备把圭泰判处重刑。司马岐指责邓飏说：“国家中执掌枢密机要的大臣，是王室的重要辅弼，既不能辅弼皇上的教化，形成德政，和古代的圣贤比美，反而要尽情发泄私愤，冤枉无辜的人。这不是让百姓感到恐惧不安，还会是什么呢？”邓飏十分羞愧，恼怒地离开了。司马岐终究害怕长久这样会招致罪过，就以有病为理由离职，他回家以后，不到一年就死了，享年三十五岁。他的儿子司马肇继承了爵位。