5艘伤痕累累的光年星舰返回了与林兮汇合的星域，随后在林兮舰队的护卫下返回王朝边界。在那里，一艘博士派来的特殊运输船已经等待许久，接着工作人员便小心翼翼地把楚君归卸下来的几个巨大货箱装上了运输船。
随后林兮就得到了新的命令，让她护送这艘运输船返回博士的研究中心，而途中如果这艘运输船出现意外，或是船体的颜色转为红色，就要立刻且彻底的摧毁它！
命令上，没有提运输船上的几百名船员。马上就要晋升的林兮现在已经能明白命令的言外之意。如果运输船出现意外，那就不能顾及船上的船员了。
这个命令有些残忍，可是林兮也不是小孩子了。她很清楚暗红在王朝内部扩散会带来怎样的灾难。事发至今还不到三个月，人类已经失去了5个星系和十几亿人口。那些人多半已经遇难。
返回光年，楚君归就重新回顾了这场战斗，地面战倒是没什么，深红似乎没有发展地面部队的准备，完全看不到陆军和守卫部队的存在。那座建筑物应该是座星舰加工厂，可是使用的生产方式是楚君归根本无法理解的。在那里，一堆乱七八糟的垃圾往一起一凑，就能变成星舰？这里面必然有楚君归认知之外的因素，关键还是那涌动的暗红。
这一次楚君归近距离地观察了涌动的暗红，并且作了许多试探。但是无论物理冲击、能量还是辐射，都对暗红毫无影响。只有极少数的能量可以透入暗红，但是渗透的比例极低。楚君归回想了一下暗红色中被爆炸冲击波影响到的几件漂浮物位置，换算出了渗透的能量比例：不到十万分之一。不过他随即想到一个可能，也许自己看到的距离不是真正的距离，暗红色内部说不定基本物理定律都有所改变，所以看到的未必就是真的。
此外这也是楚君归第一次面对深红舰队。战斗过程无比激烈，数以千计的微型深红星舰根本不要命似地往光年星舰上扑。不过似乎深红星舰里根本就没有舰员，有的只是那种涌动的红色？雾族星舰本来就是消耗品，而深红看来连回收利用都不考虑，双方都不怕死，自然打得天翻地覆。最后还是重巡的持续火力和厚重装甲起了作用，拼掉了所有深红的舰队。
楚君归用极度低温和吸能材料制成的囚箱成功捕获了几艘微型星舰，希望能对博士的研究有帮助。
刚刚返回光年，陈耳的通讯就到了。才短短时间不见，他似乎又胖了一点。看到楚君归，陈耳勉强挤出一个笑容，说：“你这次的突袭收获巨大，我们现在可以确认，这个未知的敌人，嗯，我们已经正式命名为深红。可以确认深红正在生产星舰，而且是以我们无法理解的方式，以远超我们的速度在生产。它们看起来用的是人类科技，但内核完全不一样。另外一件事，就是和最初时相比，同样体积的星舰战力提升了1%。这是分析了所有数据样本后得出的准确结论，体积的误差不超过1立方米。”
“你的意思是，它们还在进步？”
“不，我们更倾向于认为，它们正在适应我们的宇宙。”
“也就是说，我们的科技水平实际上是落后的？”
“落后是肯定的，很可能代差无法弥补。”
楚君归皱眉，说：“这可真不是一个好消息。”
陈耳重重地吐了一口气，说：“你送回来的样本正在研究，也许还会有好消息。”
“希望如此。”楚君归话是这么说，实际上是不抱希望。亲身和深红战斗过之后，楚君归已经深切体会到两个文明之间的巨大差距。深红用人类的科技就把人类两大帝国打得抬不起头来，如果用上他们自己的科技，结果更不必说。至于为什么深红不用自己的科技而要用人类的，还不清楚原因。但就算是用人类科技，也不是什么好消息。
楚君归已经发现，和最初的星舰相比，深红现在的星舰线条更流畅，性能更好，品种也在减少。这说明深红已经开始在优化，而且优化的速度相当之快。看起来评估战力只提升了1%，但这1%是在短短一个月的时间里提升的。这意味着深红很可能已经消化了一部分科技。
“接下来该怎么做？”楚君归问。
“全面动员，采用战时机制；同时尝试和对方沟通，看看能不能谈判，不过希望不大。”陈耳叹了口气。
通讯频道中一时沉默，片刻后陈耳说：“为什么我们就发展不了人工智能呢？”
这个问题楚君归也想知道，但就是没有答案，也没有例外。没有人工智能，主脑功能严重受限，人类的科技和生产水平都受到制约。由人类组成的军队就会有恐惧、有制约，和纯属消耗品的无人部队相比劣势非常明显。
“现在想这个也没有用，又解决不了。”
陈耳点了点头，说：“对了，最近我们开始梳理过去的秘密项目，有许多这样的项目因为某个原因启动，但是后来不得不终止。这种情况下，许多项目资料会被封存或是销毁。我发现有一个项目很有意思，它的编号是SSG6733212。不过这个项目是最高密级，我的权限不够，无法查阅。如果你有兴趣的话，可以请博士帮忙。”
这段话没头没尾，不过陈耳专门提出这个项目肯定有原因。楚君归看了下博士的通讯频道，发现处于暂时无法接通的状态，这一般是意味着博士正忙于重要的实验，不能打扰。楚君归就把项目的事暂时放到一边，毕竟现在深红的重要性压倒一切。
转眼之间几天过去了，这段时间深红又击溃了联邦守军，扩张了一个星系。王朝和联邦都宣布紧急状态，开始全力组织周边星系的居民撤离。这是一个浩大的工程，需要撤离的星系多达20个，涉及人口110亿人。在如此庞大的人口面前，王朝和联邦动员了几乎所有能动员的运输船，还征用了大量民间的运输船执行撤离，但仍是不够用，撤退进度十分缓慢，恐怕2个月都撤不完。
这个时候，智者忽然发来请求，要求和楚君归面谈。
楚君归觉得有些奇怪，全息影像技术早在1000年前就普及了，他和智者又都有数据化多线程的处理能力，直接通过数据交流的方式效率极高，而且更加全面，为什么还要面谈？
不过智者既然提了，楚君归也未反对，决定过去看看究竟发生了什么。楚君归登上自己的旗舰，飞向了不远处悬停的一艘星舰。